与此同时，皇太极大力推行政治体制与军事制度改革，完善国家机构。努尔哈赤建立的后金政权机构设置比较简单，设有理国听讼大臣五人，都堂十人，加上额亦都等五大臣，而主要军国大政全由充当八旗旗主的努尔哈赤及其子侄来决定。天聪初年，所得人口必八家分养之，所得土地也必八家分据之，即使一人尺土，贝勒都拥有一定的权力，可以与皇帝分庭抗礼。天聪五年(1631年），皇太极根据汉官宁完我的提议，仿照明朝政体，正式设立吏、户、礼、兵、刑、工六部，以贝勒多尔衮、德格类、萨啥廉、岳托、济尔哈朗、阿巴泰领各部事。各部下设满承政二人，蒙古承政一人，汉承政一人，启心郎一人。承政下设参政8人。六部之设，使八旗贝勒成为皇太极属下的官员，这种关系是君臣隶属关系，六部官员由满、蒙、汉族人按比例组成，扩大了后金政权的统治基础。天聪十年(1636年）三月，皇太极改文馆为内三院，即内国史院、内秘书院、内弘文院，负责起草法令、讲经注史和编纂书籍，相当于明朝内阁的作用。同年还设立了都察院，作为对诸王大臣们的监察机构。崇德三年(1638年），皇太极又将蒙古衙门改为理藩院。以上机构的建立和完善，使八旗贝勒的事权逐渐削弱，权力逐步集中到中央。

考试选拔官吏。天聪三年(1629年），仿照汉人的办法开科取士。皇太极在发布的诏书中说：“自古国家文武并用，以武功戡祸乱，以文教佐太平。朕今欲振兴文治，于生员中考取其文艺明通者优奖之，以昭做人之典。诸贝勒府以下及满、汉、蒙古家所有生员，俱令考试。”九月一日举行公开考试，录取200人，凡是充当奴仆的生员通过这次考试摆脱了奴仆身份。入关后当上清朝大学士的宁完我就是通过这次考试，获得自由而成为后金的官员。之后于天聪八年(1634年），崇德三年(1638年）、六年(1641年），都开科取士，选拔了一批知识分子，其中不少人成为皇太极的心腹谋士。