粮船按照所属省份，分为江苏、浙江、江西、安徽、湖广、河南、山东诸帮，每一帮又按照该省的地区，分成若干个分帮。各帮隶属于某一卫所，如苏松卫、杭州卫、金衢卫等。帮一般与所属的卫所名称相一致，如称江西卫四十帮、江安卫五十二帮。也有直接称帮名的，如淮泗总帮、兴武六帮、嘉白总帮等。每帮有粮船二三十到五六十艘，清代后期全国共有漕船118帮，6283艘粮船，每船以10-12丁配运，需要大量的粮船水手。

清廷为了保证漕运的顺利进行，专门设有各级官员进行管理，其名称亦沿袭明制，即设立漕运总督，驻在江苏，既有行政权，又有带兵权。其下设有漕标副将一员，管辖直隶、山东、江南、江西、湖北、湖南等省的卫所。每个卫所设守备一员，每个帮设千总一员，俗称“运弁”，每只船设有旗丁一名，又称“运丁”。在漕运改为民运以后，每船由运丁一名领运，由他雇觅水手若干名。这样，每年就需要领运六七千人，雇募水手、舵工五六万人。另外，还要有专门拉纤的纤夫，所以合计人数约在10万以上。这些水手、舵工大多来自山东、直隶一带。康熙年间，每只漕船有运丁一名，其余九名以谙熟驾驭的水手充任。雍正二年，清军绿旗各省卫所被裁撤，漕运的卫所虽然仍予以保留，但因运丁可以雇佣水手充任，所以卫所运丁的军籍与被雇佣充任水手的民籍之间，已经不再有实质性差别。

这样，漕运水手行帮，在性质上也从原来属于卫所的军事性组织，演化为具有手工业行会性质的劳动组织。以前漕船上的运丁是由国家佥派，享有各项津贴，包括行粮、月粮及船只修缮费；免税携带的“土宜”及分派的屯田。而受雇于运丁的舵工水手，则依靠工钱为生。他们的收入微薄，清代前期，嘉白等帮水手，在重运时，头工给工价银六两五钱，舵工给银五两二钱，水手给银四两。回空时，舵工给银一两七钱，水手一两三钱。按照雍正年间的物价计算，粮船由南到北往返一次，水手、舵工、头工所得银两，仅能购买米五至七石。