在天主教对新教的迫害中，虽然有许多新教徒为信仰不屈地献了身，但也有许多新教教徒为保全生命或财产，不得不宣布放弃了新教信仰，重新皈依天主教。但实质上，这些教徒中，有许多人仍然保守着自己的新教信仰和新教的宗教仪式，背着人群举行自己的宗教聚会；或者虽然被武力迫使放弃了新教信仰，但也因无法回归天主教而找不到信仰。

因此，新教徒们在长期的遭受迫害的历史中认识到：国家权力的强制只能使信仰带有伪装或屈从色彩，不是来自灵魂的真正的信仰。

其次，政教合一的另一个弊端，就是教会与政权结合会产生巨大的世俗利益，而这种世俗利益会使得信仰趋于形式化和带有功利主义目的。

在政教合一的体制下，作为神圣权威与世俗权威的相互交换和利用，教会赋予了统治者以正统性，政权则给了教权以大量的土地和其他世俗的好处和财富。教会因为与政权的结合而成了社会的特权机构，教权阶层也成了享有特权的富裕的贵族阶层。随这种现象而来的，是教会向功利主义机构的蜕化以及信仰的形式化和功利化，许多教士也变成了趋利好财之徒，而不再是神的仆人。比如，原先在宗教仪式中许多代表信仰的活动变成了赢利指向的行动，当时的发行赎罪券和一些其他的宗教行为，直接就是赚钱的行为，某教皇在过足了荣华富贵的日子之后，在死之前竟声称自己实际上并不信上帝。

新教徒因此也认识到：国家权力与宗教结合会导致权力对信仰的腐蚀，权力派生的世俗利益让灵魂直接成了世俗利益的奴仆，信仰由此变成了通向世俗利益的阶梯，而不再是真正的信仰。因此，受权力腐蚀的信仰只能是带有功利主义的假信仰。

天主教近千年的政教合一的实践证明，政教合一的体制于信仰无益，反而有害于信仰。