西方世界自天主教确立起绝对的统治以来，信仰被天主教所钳制，社会上没有什么宗教和信仰自由。在天主教统治的末期，由于新教对政教分离和信仰自由的原则的理解和信奉，信仰自由的局面在新教国家瑞士首先出现。

瑞士的日内瓦在宗教改革时期是一个独立的城市，城市政府的领导人迎接当时的新教思想家卡尔文（John Calvin）来日内瓦帮助完成宗教改革，于是卡尔文成了日内瓦的牧师。由于卡尔文教义的严谨和无懈可击的说服力，以及政府部门对卡尔文近似崇拜程度的信仰，卡尔文对日内瓦的政治、经济和社会生活产生了巨大的影响，使得日内瓦成了严格履行卡尔文教义的城市国家，卡尔文的教义在日内瓦得到彻底的普及，并通过日内瓦对欧洲产生了巨大影响，日内瓦因此成为宗教改革的中心。

卡尔文的严厉个性、对自身教义几乎偏执的自信以及政界人士对卡尔文的信赖，使得日内瓦的政权近乎成为卡尔文的奴仆。卡尔文的教义也严厉地约束了日内瓦人民的世俗生活，这让当时及后世的新教教派指责卡尔文建立了一个政教合一的政权。实际上，这是在革命中不可避免地出现的对精神领袖的狂信和崇拜所导致的局面，卡尔文终生没有担任日内瓦的任何政府职务，一直是教会的牧师，政府官员也没有被允许担任教职。在体制上，政权与教权是分开的，不像天主教的政教合一，国教的最高领袖往往直接就是政治领袖。

卡尔文死后，日内瓦再没出现像卡尔文这样具有强烈个人影响力的精神领袖。于是，由于新教思想的普及和深入人心，由于新教中固有政教分离的教义，日内瓦无可遏制地形成了在天主教以来欧洲首次看到的宗教宽容的局面，成为全欧洲信仰环境最为自由的地区，也成为欧洲的宗教迫害的避难所，众多的人为躲避宗教迫害而躲到日内瓦来，包括在欧洲鼓吹唯物主义而受到通缉的著名思想家伏尔泰（Voltaire）。伏尔泰的唯物主义在当时被所有基督教教派视为敌人，不论是天主教还是新教都把它视为魔鬼，但在日内瓦，伏尔泰受到了日内瓦新教政权的庇护。

奥地利著名作家茨威格（Stefan Zweig）说：“那些在别处因为不同的思想不同的信仰而饱受迫害的人们，最后，都在卡尔文主义统治的地区找到了庇护所。”茨威格实际上是厌恶新教而同情天主教的，但他对日内瓦国家的宗教自由局面的描写却很客观。

以后，随着卡尔文主义在欧洲的扩展，欧洲爆发了多次卡尔文宗与天主教之间的战争，最为著名的是三十年宗教战争。战争之后，在天主教无法消灭新教的情况下，欧洲逐渐开始了普及政教分离制度的过程。