自戊戌变法以来，西太后对于列强的不满日益增加。她认为，光绪皇帝在戊戌变法时所行“新政”，都是洋人在幕后指使。戊戌政变后，西太后要废掉光绪皇帝，列强又出面极力阻扰。英国公使曾经强硬地表示：“我英认定光绪二字，他非所知。”此外，各国公使还共派法国医生入内廷为光绪看病，该医生看过病后声言：“血脉皆治，无病也。”这等于是揭穿了顽固派散布光绪病重的谣言。清廷顽固派还认为康有为、梁启超出逃也完全是英、日的庇护。这样，主要围绕着光绪帝的去留，实际也是西太后是否执掌大权的问题，顽固派和列强的矛盾越来越深。后来西太后敢于向列强“宣战”，即是“彼族焉敢干预予之权，是可忍孰不可忍”，所以才“定准立决死战”。

戊戌变法失败后，慈禧又将光绪帝软禁在中南海瀛台。瀛台四面环水，只在北端架一板桥，通至岸上；板桥中间有一段是活动的。光绪被囚此之后，慈禧太后便命令人把桥板撤掉，以免光绪帝走出瀛台岛。光绪住在涵元殿里，太监每天送饭时架起桥板；用饭完毕，就抽掉桥板。光绪帝心情十分忧郁，万般无奈之中写下了“欲飞无羽翼，欲渡无舟楫”等诗句。冬天三海结冰，从瀛台可以踏冰到达岸边。 据说有一次光绪带了小太监踏冰离开瀛台，被发现后，总管太监李莲英立刻下令凿冰，以防光绪帝离开。

光绪十八年仲夏之时，一天，光绪与隆裕皇后为小事争吵，隆裕跑到慈禧面前哭诉其事。慈禧大怒，对身边的人说：“隆裕是我的亲侄女，辱骂皇后就是对我最大的不敬，实在难以忍受。”接连数日，光绪入宫请安，慈禧一言不发。此后光绪与慈禧的嫌隙就算形成了。

慈禧太后对肃顺恨之入骨，辛酉政变成功后，决意杀戮不贷。诏书中说：“肃顺之悖逆狂谬，较载垣等尤甚……斩立决。”这源于慈禧早与肃顺结下怨恨。据说咸丰帝曾因叶赫那拉氏“忤旨”事与肃顺商议对策，肃顺建议效用“钩弋故事”，铲除叶赫那拉氏，仅留其子。咸丰帝在位十一年，所生皇子，只载淳一人。慈禧敢于顶撞皇上，也是因为恃子而骄的缘故。肃顺请咸丰帝效“钩弋故事”，是他的远见。但咸丰帝心有妇人之慈，没有采纳肃顺的建言，一次酒醉，不慎把肃顺的话泄露给叶赫那拉氏。叶赫那拉氏对肃顺恨之入骨，必欲除之而后快。

肃顺被押赴菜市口刑场，由睿亲王仁寿担任监斩官。据时人记载：肃顺身肥面白，白袍布靴，被绑缚倒置牛车上。车过骡马市大街，路旁看热闹的儿童欢呼：“肃顺也有今日吗？”一些人拾起瓦砾泥土向他扔去，顷刻之间，面目模糊一片。将行刑，肃顺仍谩骂不止：“想不到，受了小娘们的算计。”肃顺不肯下跪，刽子手就用大铁柄敲断他的两腿。清朝定制，宗室行刑，在宗人府自尽，不赴刑场公开斩决。肃顺因比较叛逆例，所以绑赴菜市口行刑。慈禧、奕剪除政敌，逞快于一时，丝毫不顾及天潢贵胄的颜面。