沈葆桢虽多受岳父林则徐儒雅之风的熏陶，但是做起事来，雷厉风行。有人评价道：沈葆桢是“儒家风范，君子之风，但作风之强硬出人意料”。大事方面，沈葆桢果断宣称“铁甲舰不可不造，日本不可不防”！

北洋水师覆灭后，“靖远”舰管带叶祖珪被革职，待罪于天津。后来，清廷重建北洋水师，叶祖珪被撤销革职处分，授为北洋水师统领，与萨镇冰一起担负重振北洋水师的大任。是年，意大利派军舰六艘来华恫吓，强索三门湾为租界。“海天”舰管带刘冠雄向叶祖珪建议：“义（意）人远涉重洋，主客异势，劳逸殊形，况我有‘海天’、‘海容’、‘海筹’、‘海琛’等舰，尚堪一战。”叶祖珪极表赞同，陈于朝廷。意大利见中国态度强硬，未敢再动。

叶祖珪总理南北洋海军兼广东水师提督，终于完成了中国南北方海军的统一。其病逝后“将吏皆哭失声，有越千里来送葬者”。

1890年3月6日清晨，香港维多利亚湾发生了一起北洋海军右翼总兵刘步蟾与洋员琅威理的争执，史称“撤旗事件”。 当日，援例赴南洋过冬的北洋海军在香港避冻检修。提督丁汝昌率“镇远”等4艘兵舰离开香港，前往海南岛巡逻。旗舰“定远”忽然降下五色提督旗，升起三色总兵旗。按《北洋海军章程》规定，舰队只设提督一名、总兵两名。提督之下，总兵官衔最高。因此，右翼总兵、“定远”舰管带刘步蟾以此举宣示代行指挥舰队，本无疑义。“丁提督开职，我仍在舰队，为什么升起总兵旗？”一个洋人厉声责问刘步蟾。“按海军惯例理当如此！”刘步蟾针锋相对。洋人拂袖而去，随即致电李鸿章，对自己的地位提出质疑。此人便是北洋海军的高级顾问、英国人琅威理。

琅威理来华后，治军严明，办事勤勉。官兵们忌惮他的严厉，舰队中流传着“不怕丁军门，就怕琅军门”的说法。一次深夜，他突然鸣警演习，各舰管带无不披衣而起，各司其职，从容不迫。几年下来，按照英国海军条令操练的北洋舰队，阵容严整，令行禁止。1886年5月，醇亲王奕巡阅北洋，对琅威理治军颇为满意，特授其二等第三宝星，并赏给“提督衔”。此后，李鸿章在电文中常用“提督衔琅威理”或“丁琅两提督”的称呼。欧美各国外交官却据此认为，北洋舰队有中英两个提督。琅威理更是深信不疑。因此，琅威理对这次刘步蟾的“撤旗之举”极为愤怒。20日，英国公使向李鸿章询问琅威理辞职缘由。李鸿章指出“中国海军称琅为提督，乃客气用语”。22日，他又致电薛福成，指出“琅威理要请放实缺提督未允，即自辞退。向不能受此要挟。”