大约在14世纪末的时候，奥斯曼土耳其就已经将领土扩张到了自多瑙河到雅典的整个巴尔干半岛。到1453年，奥斯曼土耳其帝国攻陷了君士坦丁堡，拜占庭帝国灭亡。随后，在1535年土法结盟，它的战略势力又伸向了两河流域和北非地区。这样，奥斯曼土耳其就成为了一个横跨欧、亚、非的军事封建帝国。

这个时候，在欧洲已经出现了资本主义萌芽，奥斯曼土耳其帝国控制了整个地中海东部通往东方的商路，在沿岸，奥斯曼帝国设立关卡，征收捐税，这对当时的意大利各国来说无疑是一个悲惨的消息，尤其对于靠商业发展的威尼斯，显然威尼斯商人把商业繁荣看得比什么都重要。

在15世纪50年代之前，威尼斯控制了整个地中海及其沿岸地区。到了15世纪50年代，威尼斯与土耳其起了冲突，原因在于土耳其发展的也是海上贸易。土耳其不断攻占爱琴海上属于威尼斯的岛屿和港口。1570年到1571年，赛里木开始派陆海军攻占威尼斯领地塞浦路斯岛。

土耳其此举终于震醒了处在混战中的欧洲各国。西方各国虽然有统一的宗教，可是自从十字军东征后，宗教改革使得西方基督教出现了分裂，并且随着法兰西等国封建集权的不断发展，封建主和教皇之间又产生了矛盾。西班牙、法兰西和神圣罗马帝国为争夺意大利又不断混战，使得奥斯曼土耳其有机可乘。而这些国家本来也未必会站在威尼斯一边同仇敌忾。

1570年，为抗击土耳其的进一步扩张侵略，罗马教皇与威尼斯、西班牙结成了神圣同盟，组建了联合舰队。在签订合约的同时，塞浦路斯岛已经沦陷。教皇庇护五世指派奥地利的约翰统领整个舰队。

约翰的身份比较复杂，他是神圣罗马帝国皇帝查理五世的私生子，也是西班牙国王腓力二世同父异母的弟弟，在此之前他一直隐姓埋名。不过，这些都不能否定约翰出色的能力。他与曾经东征的亚历山大一样，都有着非常卓越的军事才能，更难能可贵的是，他宽容、大方，这也为联合军队的团结、统一奠定了基础。

1571年9月15日，同盟军队追踪土耳其军来到了最后一次发现他们的科林斯湾的时候，受到海上恶劣天气的阻挠无法前行。这时费尼罗与西班牙士兵发生了冲突，因为西班牙两名士兵出口侮辱了威尼斯军队，惹怒了费尼罗。费尼罗未经统帅约翰同意，私自将两名西班牙士兵处死。约翰得知后勃然大怒，命令拘押费尼罗。这件事情使整个联军在作战前军心动摇。虽然经由科伦那调节，最终释放了费尼罗，但是约翰与费尼罗的关系却大不如从前。

1571年10月7日正午，神圣同盟军与奥斯曼土耳其帝国军在科林斯附近的勒班陀正式开战。同盟军总司令约翰在战争一开始就召集左翼和加莱赛战船率先炮击土耳其的划桨船，直接命中了土耳其的几艘战舰，成功打乱了土耳其的作战计划，赢得了作战的主动权。土耳其右翼舰队指挥官洛克调开了前来支援的左翼舰队，开始全力与同盟军的左翼作战。北线战争正式开始。

在南线，同盟军右翼和土耳其左翼隔海对峙，互相包围，实力相当，形成了胶着的状态。下午，两军中央军队展开了具有决定意义的战斗。在中部战争的前期，形势是土耳其军队进攻，约翰率领的西班牙军队以守为主。开始，土耳其阿里率军直冲约翰的船舰。两大巨型船舰接舷，两船冲撞，作为被动方的西班牙军战舰剧烈颤动，很多士兵坠入海中丧生。同时，阿里军队用炮舰向西班牙军的船板、士兵扫射。射击是为了对付正在爬上船舰的敌军，整条线路都加入了战斗，全力以赴，用火枪射杀敌人。土耳其中部舰队两侧的禁卫军用弓箭和火枪为企图占领西班牙船舰的阿里军掩护。很快，西班牙约翰军逐渐处于下风。

危急时刻，教皇军科伦那及时赶到，支援临近的中线。他直接将战船冲向阿里的船舰，与他的船舰相抵，缓解约翰舰队的危机。在正面，西班牙舰队开始用长矛远距离射杀土耳其士兵，最后肃清了在约翰舰队上的土耳其军残部。土耳其军此时腹背受敌、弹尽粮绝，将领阿里也中弹身亡。土耳其军队开始出现混乱，士兵中的基督徒出现了倒戈的现象。在同盟军增加力量的同时，土耳其军实力大大削弱。当约翰将同盟军的战旗挂在土耳其战船上时，很多土耳其士兵纷纷逃亡。

此时在南线胶着的两军出现了转变，土耳其左翼军被同盟军的三支舰队包围。统帅乌尔奇见到只剩下自己的舰队，又见主帅已经身亡，立即率领舰队开始撤退。约翰将阿里的首级挂在船帆上。这场同盟军反对奥斯曼土耳其帝国侵略的海战以同盟军的胜利结束。