新时期以来，鲁迅研究不断受到来自各个方面的质疑。最有代表性的是茅盾的《答〈鲁迅研究年刊〉记者问》。文中说：“鲁迅研究中有不少形而上学，把鲁迅神化了，把真正的鲁迅歪曲了。鲁迅最反对别人神化他。他想不到他死了以后，人家把他歪曲成这个样子。”（《鲁迅研究年刊》一九七九年卷）

因质疑鲁迅研究而酿成事件的，则有《青海湖》文学杂志因刊发《论鲁迅的创作生涯》（一九八五年第八期）而受到批判，刊物编辑部作了公开的检讨。批判者陈漱渝在《不要恣意贬损鲁迅》一文中说：这是“朝鲁迅身上大泼污水”。并断言出现这种状况，“海外某些错误观点的渗透，也是一个不可忽视的原因”。

近年来对鲁迅研究质疑最为激烈，且最具个人特色的，还要数小说作家王朔。在前面提到的《我看鲁迅》一文中，王朔说：

像所有被推到高处的神话人物一样，在鲁迅周围始终有一种迷信的气氛和蛮横的力量，压迫着我们不能正视他。他是作为一个不可言说的奇迹存在的。在我读过他的大部分作品并已得出自己的看法之后的很长时期，仍不能摆脱对他的迷信，一想到他就觉得他的伟大是不证自明的。如果说他的作品不是很过硬，那他还有过硬的思想，那个思想到今天还闪烁着锋利的光芒，照耀着我们黑暗的自身。

王朔的文章发表后，鲁研界可说是一片哗然，一片惊慌。回应文章很多，大都集中在一点上，就是鲁迅被专制利用了，被亵渎了，你们看到的鲁迅不是真正的鲁迅，真正的鲁迅是怎样的高风亮节，大义凛然，怎样的爱国，怎样的为民，怎样的掮住了黑暗的闸门，怎样的呼唤着进步向往着光明。也有一些学者，还是清醒的，知道世人的看法所为何来。大多数是气愤，是无奈，叫喊着要回应挑战，要捍卫鲁迅。这些文章大都发表在《鲁迅研究月刊》上，比如李新宇的《直面真正的挑战》。文中说：这些现象的本身算不了什么，背后的东西却是值得重视。人们反感的是一个什么样的鲁迅，那个鲁迅是不是真正的鲁迅？事实上一些人并不了解鲁迅，既没有系统地读过鲁迅的书，也谈不上了解鲁迅的为人。显然他们所反感的并不是那个真正的鲁迅，而是那个被歪曲、神化和利用的鲁迅。李新宇所说的背后的东西，用他的话说，是几乎席卷了世纪末的中国文坛和学界的文化潮流，正是这种文化潮流构成了对鲁迅的挑战，真正导致了鲁迅精神的合法性危机。他说的文化潮流，有两种，一种是新保守主义，一种是中国特色的后现代主义。就是不提要求民主自由，反对专制，反对思想钳制这一世界性的文化潮流。