抗战进入相持阶段以后，针对国民党蒋介石的反共活动，章伯钧更是公开站出来反对，强调：“在当前抗战战线上，共产党是同样效忠国家，为民族服役，参加抗战，更无特殊标榜反共的理由。”特别是章伯钧领导的第三党，有着长期反对国民党蒋介石专制独裁统治的历史，又与中共关系十分密切，这引起了国民党蒋介石的强烈不满，千方百计地想瓦解和消灭第三党。

为此，陈诚奉蒋介石之命，专门找章伯钧谈话，要求取消第三党，将其成员并入三民主义青年团，但遭到婉言拒绝。随后，蒋介石又派陈立夫再三用封官许愿的方式去拉拢收买章伯钧，希望章伯钧把第三党解散了，请他参加政府，随意担任哪一个部部长，蒋介石都可以考虑。章伯钧提出，只有中共参加政府才能解决问题，明确拒绝单独参加政府。

后来，在蒋介石的分化瓦解下，第三党内部有人提出“在国共之间采取超然态度，持绝对中立”的主张。章伯钧认为，一个党派“政治上没有什么中立，总是要偏向某一方面的。比如青年党，他们就偏向国民党，我们不能这么办。我们是代表工农平民的政党，应该偏向共产党”。

章伯钧坚决顶住来自党内外的巨大压力，坚持与中共合作的立场进一步密切了两党的关系。对此，周恩来曾向中共中央汇报说：“第三党近因当局之压迫，日渐左倾，现正整顿其组织，并提出联苏联共之中心主张，与我们建立密切之合作。该党凡在大是大非的斗争中，都站在共产党一边，采取了积极的态度。”

为了联合起来，共同对付国民党的压迫，1939年11月，章伯钧与各民主党派领导人和无党派民主人士张澜、沈钧儒、黄炎培、梁漱溟、罗隆基、左舜生等人经过积极联络和筹备，在重庆成立了一个国共两党以外的“第三者”性质的政治组织——“统一建国同志会”，章伯钧当选为常务干事。