1941年3月，统一建国同志会改组成为“中国民主政团同盟”，章伯钧当选为中央常务委员兼组织部长。此后，第三党党员很快加入了政团同盟，以盟员的身份积极进行活动。1944年9月，在章伯钧等人的推动下，中国民主政团同盟又改组为“中国民主同盟”，成为广大民主分子个人的联合体，从而大大促进了民盟组织的发展。章伯钧因其高超的组织才能而被人们称为民盟的“杰出组织家”。

民盟改组完成后，章伯钧作为民盟领导人之一，又竭力推动民盟向中共靠拢，加强民盟与中共的合作关系。1945年7月，章伯钧与黄炎培等六位参政员访问延安，并受到毛泽东的单独接见。毛泽东希望进一步加强中共与民盟和第三党的合作，章伯钧更是明确表示：“我没有忘记同党的关系，我要为党尽力的心愿从未改变。抗战开始，我就向周恩来先生正式表示，如果贵党对国事有何主张，需要各党各派表态支持，则不必事先征求我的意见，尽管将我的名字签上。”

抗战胜利后，毛泽东到重庆与蒋介石进行谈判。章伯钧为支持和配合中共的谈判斗争，特以民盟中央常委和第三党领导人的身份，对《新华日报》记者发表谈话，提出应该合理妥善地解决解放区军队和政权问题，“因为此等军队与政权，系由当地人民取自敌人，不能视为化外，予以敌视的态度”。在随后召开的1946年政治协商会议上，章伯钧更是与中共代表密切合作，为反对独裁和内战、争取民主与和平，同国民党进行了坚决的斗争。

章伯钧在战后致力于民盟工作的同时，也为第三党的独立发展付出了大量的心血。1947年2月，中华民族解放行动委员会在上海召开会议，决定将党的名称改为“中国农工民主党”，规定：“本党任务，为彻底完成民族解放，实现民主政治，达成社会主义。”章伯钧在会上当选为农工党中央主席。此后，农工党积极投入到了反蒋民主斗争之中。

1947年11月，民盟在国民党当局的强大压力下被迫宣布解散，农工党也随即被迫转入地下。但章伯钧并没有因此而屈服，随后秘密离开上海前往香港，农工党中央机关也随之转移香港。章伯钧到达香港后，与沈钧儒、周新民等人密切合作，随即于1948年1月在香港召开了民盟一届三中全会，宣布重建民盟总部，恢复民盟组织活动，并与中共携手合作，走上了新民主主义革命道路。

1948年4月30日，中共“五一口号”发布后，章伯钧在香港立即起来积极响应，并在民盟中央机关报《光明报》上发表《我们赞同迅速召开新政协》一文，积极推动新政协运动的开展。随后，章伯钧应中共之邀，首批踏上了北上解放区的旅途。