在这样压抑的气氛下，魏源不顾世俗的白眼，以“虽千万人，吾往矣”的气概，冒着被人误解为“为夷张目”的风险，果断地辑录出了《海国图志》这样的图书，并且提出了“师夷之长技以制夷”的重要思想，实在称得上是空谷足音、独迈千古之举。

自然，《海国图志》诞生在这样的一个时代，未免有些生不逢时，其遭遇的必然是知音寥寥，少人问津。《海国图志》成书之后，就如同在汪洋大海中投下了一枚小小的石子，根本没有在这个古老的国家激起风浪。

据统计，当时国内有绅士百万余人，有能力读此书的也多达300多万人，然而却很少有人认真地阅读和领会书中的深刻内涵。相反，许多守旧的朝廷官吏的骂声却扑面而来，他们无法接受书中对西方蛮夷的‘赞美’之词，更有甚者主张将《海国图志》付之一炬。在腐败守旧的清政府眼中，《海国图志》无疑成了一本大逆不道的书籍。遭到无端非议的《海国图志》最终在国内的印刷数仅有千册左右。”（魏启敏《中国巨著帮日本走向维新》，《环球时报》2005年12月09日）

这部被著名的中国近代史专家茅海建先生称为“有新思想的闪烁，也有旧观念的罗列”的奇书，就这样孤寂地湮没在全国学人对“四书五经”的诵读声中了。

然而，事态的进展并没有因此而完结。出乎魏源和所有中国人意料的是，就在这部书在其祖国被弃之如敝屣的同时，一个偶然的机遇，却使它在与中国一衣带水的日本，产生了重大的影响，成为“墙内开花墙外香”的一个显例。

根据《中国青年报》记者张建伟先生在一篇文章的记述，《海国图志》输入日本的机缘颇具传奇色彩：1851年，中国的一艘商船驶入日本长崎港。日本官员在照例查检违禁品时，翻出了3部《海国图志》。“这是《海国图志》第一次进入日本的确切记录。”

《海国图志》输入日本的时候，正是日本面临着和中国相同命运的关键时刻。1854年2月，美国将军佩里率舰队抵达日本，逼迫日本德川幕府签订了《日美亲善条约》。之后，西方列强纷纷向日本列岛伸出了侵略之手。“日本该向何处去”的命题，于是成为日本举国上下有志之士关心的大问题。在这个时候，魏源的这部《海国图志》适时出现，无疑为正在寻找出路的日本提供了解西方世界的一个绝好的窗口。于是，《海国图志》迅速在日本畅销起来，很快成为日本官员和学者共同研读的一部“有用之书”。