据称，日本著名维新思想家佐久间象山在读到魏源的这部书之后，感慨拍案：“呜呼！予与魏，各生异域，不相识姓名，感时著言，同在是岁，而其所见亦有暗合者，一何奇也，真可谓海外同志矣！”其弟子吉田松阴则“利用《海国图志》提供的世界知识，结合日本实际……提出维新改革主张。他说：‘万国环绕，其势如此，若我茫然拱手立于其中，不能察之，实在危险得很。’” 另一位维新志士横井小楠，也是在读了《海国图志》后得到了启发，与佐久间象山共同提出了日本的“开国论”思想。

日本朝野上下的一致拥戴，使《海国图志》在日本成了奇货可居的紧俏图书。于是， 不断从中国“走私”和自己翻印，以至于《海国图志》最后在日本出现了15个不同的版本，有的则“被官方征用”。到1859年，同样一部书价格涨了3倍。

在谈到这部书对日本的影响时，其后的梁启超曾经这样评价道，日本明治维新的前辈们，“皆为此书所刺激，间接以演尊攘维新之活剧”。 梁启超的这段议论当为公论，日本之所以在1868年发起明治维新运动，掀起了彻底向西方学习的热潮，从此走上了富国强兵的康庄大道，由东亚的一个偏僻的岛国，一跃而成为可以战胜中国和俄国的亚洲霸主，可以说，魏源的《海国图志》的确是起到了不可小觑的作用。正是以大和民族的思想解放为契机，日本从闭关锁国中昂然奋起，“脱亚入欧”，迅速崛起。而产生了《海国图志》的中国，则在盲目的自大和排外中，失去了一次又一次变革的机遇，终于被国际社会“边缘化”，成了一个被新中国的史家称为“半殖民地半封建社会”的落后国家。

一部由中国自己的思想家编辑而成的图书，并没有在其祖国产生巨大的影响，却成为邻国日本推动现代化运动的一大思想资源，这段历史至今读来仍然令人悲从中来，欷歔不已。而从《海国图志》在中日两个国家截然不同的命运比较中，我们实在不能不承认的一个事实是：在某些方面，日本民族的确要大大地优于我们。

对此，二战后担任过七年日本首相的吉田茂在他的《激荡的百年史》（陕西师范大学出版社，2005年10月第1版）中就曾经自豪地宣称：“日本总能在惊涛骇浪中稳操航舵，原因之一，便是日本人有卓越的机智，但是，对于那些过分相信自己实力的人们，这种机智决不会被赐予。”至于“那些过分相信自己实力的人们”究竟何所指而言之，吉田茂没有点明。不过，我们的某些中国人倒是可以认真地“对号入座”一下，看看我们是不是被人家不幸而言中了。