同治元年农历七月二十五日（1862年8月20日），奕訢等人向由慈安、慈禧两宫皇太后把持的朝廷呈献了《同文馆章程》六条。四天之后，两宫皇太后正式批准，京师同文馆就此成立。

同文馆的设立之所以被称为是“石破天惊”的壮举，是因为在不久之前，这个国家还在死守着“夷夏之防”的敏感底线，固执地禁止所有外国人学习汉语，更不用说令本国人学习“夷狄”们的语言了。所以，此番由政府公开成立学堂学习外语，这个变化对于当时仍“沉浸于章句、小楷之积习”（李鸿章语）的大部分士大夫阶层而言，无疑是非常突兀和巨大的。

因此，尽管同文馆在刚刚设立时，只招收了区区10名年龄在14岁左右的八旗子弟，恭亲王还公开承诺学生“不会超过二十四名”，所学习的语言也仅有英语一门，但却仍然招致犹然陶醉在天朝上国迷梦里的大批保守派人士“用夷变夏”的交口非议和激烈攻击。一些人甚至到处造谣生事，写了许多条楹联极力诋毁同文馆，诸如：“诡计本多端，使小朝廷设同文之馆；军机无远略，诱佳弟子拜异类为师。”“未同而言，斯文将丧。”“孔门弟子，鬼谷先生。”……

事实上，尽管部分保守派人士对于同文馆的诋毁一直没有停止过，但因为最初的几年内，作为其主事者之一的奕訢等人颇受两宫皇太后尤其是慈禧的信任，在朝廷之上的地位极为稳固，因此，同文馆依然在争议声中踯躅前行。