此时的形势对于梁启超和进步党极为有利。民国二年（1913年）3月20日晚10时，国民党内力主内阁制的宋教仁在上海沪宁火车站被刺，至22日身亡。梁启超因此少了一个政治上的强大对手。有人曾怀疑梁启超是宋案的幕后黑手，就是看到了他与宋教仁在政治上的竞争关系，以及政见方面的冲突。他马上写了《暗杀之罪恶》一文，发表在《庸言报》上，开篇就说：“吾与宋君，所持政见时有异同，然固确信宋君为我国现代第一流政治家，奸此良人，实贻国家以不可规复之损失，匪直为宋君哀，实为国家前途哀也。”（《饮冰室合集·文集》之三十，7页）

不过，国民党内及社会舆论很快将目光聚焦于国务院秘书洪述祖和内阁总理赵秉钧，由此又牵涉到袁世凯。于是，袁世凯与国民党的矛盾日趋激化。7月12日，江西都督李烈钧在湖口宣布起兵，自称讨袁军，二次革命由此爆发。至9月1日，随着政府军克复南京，短命的二次革命则归于失败。讨袁军的导火索是宋案，宋案的导火索则是国民党在第一次正式国会选举中独占优势。不过，自宋案发生之后，国会也于4月8日开幕。至此，国会内部的党派力量对比则发生了戏剧性的变化。共和党、统一党、民主党迫于国民党的压力，合并为进步党，在国民党议员张继被选举为参议院议长、王正廷被选举为副议长后，民主党的汤化龙也被选举为众议院议长。进步党与袁世凯的联盟开始发挥效力，国民党内部却由于种种原因陷入了四分五裂的困境。国民党的前身—同盟会本就不是一个思想理念非常一致的组织，宋案之前，有主张内阁制的，如宋本人，也有主张总统制的；宋案发生后，又分成了法律派和非法律派；直到讨袁军与北洋军开战之后，国民党中的温和派仍然坚持放弃武力对抗的主张，以为利用国会就能迫使袁世凯退位。而此时国会中的国民党议员，也早已分化为不同的派别或组织，其中有人是被袁世凯威逼利诱收买的，也有自动倒向进步党一边的。国民党的势力至此已被大大地削弱，而进步党却由于其主张温和、行动谨慎，处处与被人视为暴民的国民党表现不同，颇为当时的舆论所重，袁世凯也不得不暂时借重他们以影响舆论。即使国民党中的温和派，这时也希望能与进步党联手对付袁世凯，他们迫于环境的险恶，不能不向进步党示好。

这是进步党最得意的时候。7月末，袁世凯决意改组内阁，以熊希龄为国务总理。进步党抓住这个机会，以为可以组织一个进步党内阁，所有阁员除陆海军两部外，全部由进步党领袖担任。但熊希龄却不积极，迟迟不肯来京就任。直到梁启超再三催促，才勉强于8月28日接受了国会的任命。袁世凯自然不肯把权力全部交给进步党，他在熊希龄进京之前，已将重要阁员安排妥当，只留下教育、司法、农商几个闲位，待熊来配置。这当然与熊希龄所希望的相差太远。熊希龄是梁启超在湖南时务学堂时的老搭档，他很想让梁启超担任财政总长，梁本意也是要做财政总长的，以便发挥他整理财政的计划。但袁世凯不同意，他提出的财政总长的人选是周自齐，梁启超只能去做教育或司法总长。熊希龄则以总理自兼财政总长的办法抵制袁的干涉，并希望梁启超屈就教育司法等闲位。然而，梁启超却不肯接受，借口党内事务繁忙，百般推辞。而梁若不出，张謇、汪大燮也不肯出，第一流人才内阁可就泡汤了。最后，经熊和袁再三劝诱，熊甚至以辞职相威胁，梁启超才勉强接受了司法总长的位子。9月11日，熊希龄内阁正式发表，以梁启超为司法总长，孙宝琦为外交总长，朱启钤为内务总长，汪大燮为教育总长，张謇为工商兼农林总长，周自齐为交通总长，段祺瑞为陆军总长，刘冠雄为海军总长，熊氏自兼财政总长。当时人称这届内阁为“人才内阁”，由于九位阁员中梁、熊、汪、张、周均为进步党党员，所以又称进步党内阁。