一个月后，鲁迅的《狂人日记》在《新青年》发表。这是中国现代文学史上第一篇白话文短篇小说。1919年2月27日，林纾在上海《新申报》上发表文言小说《荆生》，以田其美、狄莫、金心异三人影射陈、胡及钱玄同，说这三人指责孔子，提倡白话，“以禽兽之言”乱人视听，结果被一个名叫荆生的“伟丈夫”痛殴一顿。遭新派人物反驳后，林又发表《致蔡鹤卿太史书》，攻击北京大学宣传新文化是“覆孔孟、铲伦常”。污蔑写白话文是“引车卖浆之徒所操之语”、“尽废古书，行用土语为文字”，是“叛亲蔑伦”，“人头畜鸣”。1919年3月18日，蔡元培公开发表《致〈公言报〉函并附答林琴南君函》，强调了“循思想自由原则，取兼容并包主义”，有力地维护了新文化运动。

何思源回忆说：“我认为这篇文章可称为新文化运动的宣言和檄文，是新旧思想激烈斗争的表现。蔡校长的办学方针和教育主张正符合我的思想要求，我从民间小说文学得来的‘基本功’正是‘行用土语为文字’。我的思想似乎解放了，胆子也大了。我的学科重外文，除英文外，又学会法文。我居然在《新青年》上发表了有思想意义的英汉对照文章《金钱的崇拜》。我还发挥‘土语’的本领，连续写了九篇水平不高的文章，其中《新唯实主义》在《新文学》上发表，《我们如何思维》在《新潮》上发表，我这个乡间土孩子出身的人，谁给我这样不知天高地厚的胆量！”

蔡元培在文中阐明了自己的办学思想：

对于学说，仿世界各大学通例，循“思想自由”原则，取“兼容并包”主义。……无论有何种学派，苟其言之成理，持之有故，尚不达自然淘汰之命运者，虽彼此相反，而悉听其自由发展。

对于教员，以学诣为主。……例如复辟主义，民国所排斥也，本校教员中，有拖长辫而持复辟论者，以其所授为英国文学，与政治无涉，则听之。筹安会之发起人，清议所指为罪人者，本校教员中有其人，以其所授为古代文学，与政治无涉，则听之。嫖赌娶妾等事，本校进德会所戒也，教员中间有喜作侧艳之诗词，以纳妾挟妓为韵事，以赌为消遣者，苟其功课不荒，并不诱学生而与之堕落，则姑听之。夫人才至为难得，若求全责备，则学校殆难成立。且公私之间，自有天然界限。比如：公曾译有《茶花女》、《迦茵小传》等小说，而亦曾在各学校讲授古文及伦理学。使有人诋公为以此事小说体裁讲文学，以挟妓通奸争有夫之妇讲伦理者，宁值一笔欤？