袁世凯上任之后，一面和各国商议撤兵的事情，一方面密请两宫太后回京。并嘱托李莲英转告西太后，回京可保万全。两宫太后于是决意回京，下诏说：

现在时局渐定，回京有期，袁世凯共保东南疆土，尽心筹画，卓著勋劳，自应同膺懋赏。署直隶总督袁世凯，著赏加太子少保衔。钦此。

袁世凯得到诏书后，知道两宫太后不久就会回到北京，于是督促有关部门把圣驾进程的道路进行了修缮。路修好后，袁世凯就赶去迎接圣驾。十一月十五日申时，袁世凯在顺德接到了两宫的圣驾。两宫当即召见了袁世凯，对其大加表扬。当时两宫把袁世凯和岑春煊看做了自己的左右手。十一月二十五日，下诏说：

署直隶总督袁世凯，山西巡抚岑春煊，著加恩赏穿黄马褂，并在紫禁城内骑马。钦此。

两宫太后回京后，果然安然无事，八国联军也退出了北京，北京又重新呈现出了一番太平景象。西太后对袁世凯的信任、对他的器重，是以往的大臣从来没有得到过的。这年十二月二日，朝廷又下诏说：

现值时局大定，亟宜整顿路矿，以开利权。著仍派王文韶充督办路矿大臣，加派瞿鸿禨充会办大臣，张翼帮同办理。其关内外铁路事宜，改派袁世凯接收督办，胡炳棻会同办理。务各认真筹画，实事求是，以保利权，钦此。

这月初七，朝廷又下诏说：

袁世凯著参预政务事宜。钦此。

八国联军退出北京后，义和拳的余孽又有死灰复燃的趋势。当时清朝朝野上下，经过了一番挫折之后，都增长了不少见识，一切要政都听从于袁世凯。西太后对袁世凯也是言听计从。袁世凯认为义和拳的余孽还没有肃清，只有用兵力进行镇压，才能起到震慑的效果。袁世凯于是上书请求训练新兵。袁世凯此次练兵，他的军事学问又长进了一步，竟然效仿起了文明国家的征兵制度，清廷也应允了他的做法。