保密并非斯大林的爱好。运河工程竣工以后，既因为他在批准兴建这项“宏伟的水利工程”时的“勇敢无畏”，也因为“这项工程并不是由一支普通的劳动大军建成的神奇事实”，运河的上层管理者对斯大林大唱赞歌。从工程开工的速度上，也能看到斯大林的影响。一九三一年二月作出开工的决定，然后，仅仅经过七个月的工程规划和前期勘测，工程即于九月开工。

在管理方面，在物质方面，甚至在心理方面，与白海运河有关的第一批劳改营是北方专设集中营的产物。运河劳动营按照北方专设集中营的模式组建，利用北方专设集中营的设施，配备北方专设集中营的干部。开工伊始，运河的施工负责人就从设在大陆和索洛韦茨基群岛的北方专设集中营中调来大批囚犯投入这项新的工程。有一段时间，旧的北方专设集中营官员与新的白海运河劳动营官员为工程的控制权展开了争夺——但是运河劳动营取得了胜利。最后，北方专设集中营不再是一个独立的单位。索洛韦茨基城堡重新变成一座戒备森严的监狱，而索洛韦茨基群岛只是被称为“白波营”的白海-波罗的海运河劳改营的一部分。一些看守和国家政治保卫总局的负责官员也从北方专设集中营调到了运河工程。其中包括前面提到的纳夫塔利·弗伦克尔，从一九三一年十一月到工程竣工，他在运河担任日常管理工作。

在幸存者的回忆录中，伴随着运河建设的混乱状况呈现出一种近乎神话的特征。降低成本的需要导致囚犯用木料、沙土和石头代替金属和水泥。无论是否可行一切从简。经过多次讨论之后，运河挖掘的深度只有十二英尺，军舰几乎不能通行。因为现代技术不是成本太高就是无法得到，所以运河的设计者大量使用非技术劳动力。在二十一个月的施工期里，约有十七万名囚犯和“特殊移民”投入了工程建设，他们使用木锹、简易手锯、鹤嘴锄和手推车开挖河道、修建堤坝和船闸。