真正负责马来亚新加坡华侨事务的是军政部副部长渡边（Watanabe），副手是高濑。渡边对于华人并不生疏，他曾以特务机关人员身份在华北和满洲渡过了十年的光阴。渡边很快就了解到了马来亚华人的潜在力量，对于他们的内聚力、独立性和生存意志印象深刻，这种强烈的感觉中混淆着赞赏和恐惧。另一方面，渡边也坚信马来亚的华人和大陆的华人一样不可信赖，这大概是由于华人的间谍和游击队活动引起的。他对华侨的反叛满怀戒心。他在大陆和马来亚两地的经验告诉他：应该以坚决的压制措施对待华侨。渡边在他的回忆录里这样解释他的思想脉络：“为了赢得民心而同情华侨是会损害我们的利益的。他们必须对过去的罪行负责。本人的政策是要使他们改过自新，我们将准许他们生活下去，并将交还他们的财产，但得先看他们的悔悟程度而定。挽救一个死囚的生命将是最受赏激之举。这就是我所说的‘必要时作最低程度的绥靖’一语的意思。由于这个缘故，本人策划向华侨征税，强迫他们捐输，切断他们和中国的联系，拒绝委派他们担任行政职务，不给予他们平等的地位。”

渡边所持的看法获得越来越多高层官员认同，中央最高司令部在新加坡陷落前一天，终于对华侨的立场作了最终的决定，主张军方切断华侨同中国国民党政府的联系，有必要时不惜加以镇压。于是军方主张对华侨采取强硬手段的人便可以一意孤行了。

英军投降之后，日本人把新加坡改名为昭南。第二野战宪兵队在大石正行的指挥下，立刻进城确立治安，肃清敌对的华侨。在往后的几天里，有数万华侨包括妇孺被杀害，原因仅仅因为他们是华人。山下奉文下令搜捕敌对华侨起先是基于军事行动而非出乎憎恨。两个月的马来亚战役，加上他的部分部队被调到缅甸、苏门答腊作战，使得二十五军的实力削弱不少，所以山下很担忧他麾下实力不够的军队是否有能力维持昭南和马来亚的局势。此时在马来亚的丛林里，许多抗日分子继续活动妨碍日军的行动。山下曾经在中国看到抗日游击队怎样歼灭小支的日本驻防军。在山下的心灵深处，这种梦魇般的想法一定让他很烦恼。华人接连不断的间谍活动、义勇军在新加坡最后守卫战中给日军造成的伤亡引起了山下奉文部下官兵的愤怒，何况山下奉文的士兵前来马来亚之前在中国有过同样的经验。于是，这种郁积在内心的情绪在战争的压力下变得更加严重。一旦征服成功，便一发不可收拾了。

山下奉文的参谋长铃木宗作中将向昭南警备军司令河村三郎少将传达了“严厉惩治敌对的华侨”的命令。河村把命令转达给大石上校，并训令他根据军令的文字和精神去执行。“严厉惩治”一词可作不同的解释，许多憎恨华侨的士兵解释为可以就地处决华侨，因而滥行该令干下许多暴行。

在河村和大石的指挥下，一项有系统的肃清行动于1942年2月21日开始，宪兵队把以下各种人士解释为不良分子。

曾经在南洋华侨筹赈会中积极活动之人士。

曾经慷慨地捐输给筹赈会之富裕人士。

南洋华侨救国运动领袖陈嘉庚之追随者，以及校长、律师。

海南人，根据日本人的看法，所有的海南人均属共产分子。