军事征讨方面，康熙完成了先辈未完成的事业，奠定了一个自蒙古王朝以来版图最庞大的中华帝国之基础。他最大的成就是镇压三藩之乱。我们记得清朝在征服中国过程中得到了许多汉族降人的帮助。吴三桂曾打开山海关大门迎接多尔衮，此后他为满洲人东征西讨，并将桂王赶到缅甸，清廷加封他为平西王以作奖赏，授命镇守云南。尚可喜和耿继茂原是前明驻辽东军队的统帅，投降了满洲人，分别被封为坐镇广东的平南王和坐镇福建的靖南王，此三人便是所谓的“三藩”。吴三桂统领一支十万多人的大军，而另外两人也各统率二万人的军队。在1667年之前，三藩的军队每年耗费清廷约2，000万两——超过全国总开支的一半以上——但同时他们在各自辖地内又完全自行其是。

三藩对清廷来说如鲠在喉，顺治帝之所以不得不容忍他们，是因为新王朝不敢冒挑起一场内战之险，但当康熙掌权时，清王朝已相当稳固，于是决定撤藩，并削夺三个藩王的兵权。

吴三桂的反应是在1673年12月28日公开叛乱，自称“天下都招讨兵马大元帅”，并宣布建立新的王朝“周朝”。他下令恢复明朝的服饰和发式；军队挂白旗，士卒穿白色号服白色是治丧用的颜色，大约是穿着用来悼念明朝的灭亡。，宣称要反清复明。另两个藩王与他合流，一时间清朝似乎要被推翻了。满洲旗人无法打败他们，于是康熙起用了一些汉族将士，到1681年，经过八年苦战，三藩终于敉平。两年后国姓爷孙子郑克塽。统治的台湾也被收复，置为福建省的一个府（见前节）。

一当摆脱了内战，康熙便要面对由西北部的厄鲁特蒙古人和东北部的俄罗斯人引起的两个难题。这两个难题相互联系在一起，因为厄鲁特人和俄罗斯人似乎很可能结成一个反对清王朝的联盟。俄罗斯人已征服了西伯利亚并抵达黑龙江；17世纪40至50年代中来自西伯利亚的哥萨克人已不断地侵袭黑龙江地区，1666年他们修筑了雅克萨城作为前哨基地，威胁到满洲人的故土。几乎与此同时，在17世纪70年代中，厄鲁特人的一支、准噶尔部（西部蒙古人）的大汗噶尔丹（1644？—1697年）掌权，他企图建立一个中亚帝国。他在1679年征服了东突厥斯坦，1687年入侵外蒙古，打败喀尔喀人（东部蒙古人），推进到克鲁伦河。这样，他与俄罗斯人的联盟似乎是不可避免的了。

为防止这一事态的出现，康熙的策略是首先在雅克萨打垮俄罗斯人，然后与他们签订一项带有怀柔性质的条约。1685年，他派将军彭春进攻雅克萨，将其夷为平地。次年俄国派来了增援部队，修整了新的要塞。一支清军征讨部队被派去围困雅克萨，但当康熙得知一个由费要多罗（Fedor AGolovin）率领的俄国外交使团已经上路的消息，他为了争取俄国人的好感，便撤除了围城，准备与该使团进行谈判。