尽管兴中会成立后，孙中山发动过几次武装起义，但其思想上仍然没有与改良主义决裂。这表现在：1900年惠州起义之前，孙中山曾几次与康有为、梁启超等合作。关于此事冯自由曾经记述道：“时梁及同门梁子刚、韩文举、欧渠甲、罗伯雅、张智若等与总理往还日密，每星期必有二三日相约聚谈，或主张革命排满论调，非常激烈，因有孙、康两派合并组党之计划，拟推总理为会长，梁副之。”但不久因梁启超奉康有为之命赴檀香山办理保皇会事务，一切计划尽成泡影。但在临行前，梁启超仍“约总理共商国是，矢言合作到底，至死不渝。以檀岛为兴中会发源地，力托总理为介绍同志，总理坦然不疑，乃作书为介绍于其兄德彰及诸友”。梁启超抵檀香山十日后，还写信对孙中山表示：“弟此来不无从权办理之事，但兄须谅弟所处之境遇，望勿怪之。要之，我辈既已订交，他日共天下事必无分歧之理，弟日夜无时不焦念此事，兄但假以时日，弟必有调停之善法也。”（冯自由：《革命逸史》第六集，第13页。）1897年他介绍维新派的徐勤做日本横滨的华侨学校校长。1899年，他又介绍梁启超到檀香山去，鼓吹改良主义思想。1900年维新派组织发动自立军起事，孙中山给予支持和配合，当唐才常等十余人拟回国发动起义、离开日本时，孙中山出席了梁启超等人举行的送别会，大家各举杯庆祝前途胜利，大有“风萧萧兮易水寒”之慨。孙中山还为林圭介绍汉口某俄国商行买办、兴中会会员容星桥，后来林圭抵汉后亦大得容助。再就是继续幻想与李鸿章的合作，当时英国想进一步扩大侵略权益，怂恿孙中山与李鸿章接洽，设法使两广独立。

孙中山的良好愿望为实际所打破。维新派的徐勤当了校长以后，把所有赞成革命的同志，全部排挤出去；梁启超到了檀香山，把兴中会会员拉进了保皇党，甚至孙中山的哥哥孙眉也被拉了进去，兴中会的策源地，居然成了保皇派的活动中心，可谓鸠占鹊巢。孙中山费劲心力所经营的根据地，完全被保皇派所抢占。这一系列事件使孙中山认识到斗争形势十分严峻，而再次争取与李鸿章合作的失败，使孙中山不得不打破依靠统治者的幻想，加上八国联军侵华所造成的民族危机，以及惠州起义的惨败，终促使孙中山与改良主义分道扬镳。

4. 惠州起义

1900年7月中旬，孙中山决定利用义和团起义的有利时机，在惠州再次组织武装起义。计划由郑士良等赴惠州组织起义，邓荫南、史坚如等赴广州准备组织策应，起义后逐渐向福建推进，孙中山则在台湾携带枪械弹药，在福建与起义军会师。起义计划可谓周密，可惜的是缺少武器弹药，起义发展至二万多人，坚持数月之久，最终失败，史坚如牺牲。惠州起义是孙中山在兴中会时期所策划的一次重要的武装起义，也是他发动的历次起义中规模较大的一次。对民主革命的宣传起了非常重要的作用，在国内产生了巨大的影响。孙中山后来回忆此事说：广州起义失败后，“举国舆论莫不目予辈为乱臣贼子、大逆不道，诅咒谩骂之声，不绝于耳”，而惠州起义失败后，却“鲜闻一般人恶声相加，而有识之士且多为吾人扼腕叹息，恨其事不成矣”。由此可见，其民主革命事业逐渐被人们所接受，且越来越多的爱国知识分子日益倾向革命。