事实上，号称湖南“土皇帝”的王先谦一直在窥伺着新学界的动向。他利用门徒、新学界败类刘作楫同胡元倓一派人对抗。1904年5月，赵尔巽离任，陆元鼎署湖南巡抚，王即与陆相勾结，公开摧残进步学堂。王、陆十分注意华兴公司，扬言这是革命党。迫于形势险恶，黄兴等加速起义的准备。但是，一个华兴会员却在无意中走漏了消息，被刘作楫侦知，报告给王先谦。王急向陆元鼎告密，要求逮捕黄兴、刘揆一等人。陆元鼎因有人劝阻，没有立即捕人，命巡防营严加侦缉。官厅的侦探结识了会党的五路巡查何少卿、郭鹤卿，伪装要好，赚得实情，在醴陵车站将二人捕送省会，很快，二人供出了革命党准备在长沙等地起事的计划。10月24日，清兵出动捉人，搜查华兴会机关。黄兴这时正在侍郎龙湛霖家中议事，龙的儿子绂瑞慨然藏宾，并亲往长沙中学堂将华兴公司的文件取出销毁。刘揆一等人纷纷走避，会党首领游德胜、萧贵生被捕。游、萧在严刑之下招供出详细的内情。官方搜捕更加紧急，但因没有确凿证据，华兴会的人员没受到损失。黄兴在龙家躲了三天，又转移到吉祥巷圣公会，由教士黄吉亭等加以掩护。11月4日，游德胜、萧贵生遇害。待风声稍缓，黄兴便化装出走，由黄吉亭、张继等人护送，经汉口转赴上海。

至此，华兴会准备的长沙起义宣告流产。

此前，黄兴一直用着本名“轸”，黄吉亭在汉口船上分别时，暗地嘱咐他说：“到上海时，即来一电，只拍一‘兴’字，即知君平安无恙也。”于是，黄兴的名字便从此用开。

当华兴会的起义还在准备之时，杨笃生、章士钊在上海与蔡元培、陈由己、杭辛斋等成立爱国协会，联络各地人士积极响应，杨、章分任正副会长。苏鹏还奉命赴日本招回一批留学生准备参加起义。他们以兴学会的名义在新闸路余庆里租屋招待来往同志，黄兴和其他一些逃亡的华兴会成员抵沪后就住在这里。11月19日，上海发生了万福华刺杀前广西巡抚王之春的事件，章士钊等曾参与密谋。次日，章前往捕房探望万福华时被扣，供出余庆里住址，巡捕搜查该地，黄兴、张继、周来苏、苏鹏、徐佛苏、薛大可、郭人漳等十人被作为嫌疑犯拘捕，杨笃生逃出。郭人漳是清朝候补道，在江西统兵，与华兴会有联系，因为他来沪是奉江西巡抚之命，旋被保释。黄兴化名李寿芝，伪称是随郭来沪公干的教员，瞒过会审公廨，一同被释放。黄兴出狱后，随即与刘揆一再次东渡日本。袁树勋不想兴大狱多惹事端，经蔡元培、龙璋等设法营救，被捕的人后来也都相继出狱。华兴会成员陈天华、宋教仁、柳聘农、彭渊洵、刘道一等也都先后流亡日本，但他们依旧保持着华兴会的团体。

起义的流产使得长沙的新学界受到了极大的摧残。大批进步教师纷纷离湘他适，外省旅湘教师的俱乐部被迫停止活动，旅湘安徽公学也迁往芜湖。钱维骥创设讲艺公司，想以此再行聚集同志，但被陆元鼎阻止。胡元倓、周震鳞受到王先谦、刘作楫的恶毒攻责，靠着一些官绅的维护，侥幸才将所办的学堂保存下来。

会党领袖马福益在长沙起义泄密后，逃往广西。在广西，他又联络了广西会党和湖南旧部，准备再次发动起义。1905年春，马福益自桂返湘，哥老会派人前往迎接。由于马福益临时改变路线而未遇。4月12日，马福益在途中被清军截捕，他英勇拒敌，在被缚时还踢死了两名清兵。马福益是参加资产阶级反清革命运动的优秀会党领袖。他的徒众坚持追随华兴会革命，与他的态度有着重大的关系。会党采取的是家长制的组织形式，首领有着极大的权威，在革命党人没有直接向会党群众进行充分宣传教育的情况下，首领的政治倾向和道德品质往往对徒众起着决定的影响。马福益被解往长沙后，受到湖南巡抚端方的严刑拷打，他坚贞不屈，视死如归，于4月20日遇害。至此，华兴会策划的长沙起义以彻底失败暂时告一段落。