当晚，邵飘萍又调整《京报》版面，要闻栏在“国民一起奋起”的大标题下刊登《国民外交协会之决议》、《学生界之宣言》，广告栏登出《国民外交协会特别大会》一文作为通知各界诸君出席在中央公园召开的“五七”国民大会，讨论救亡图存的办法。

5月4日上午，邵飘萍又马不停蹄赶往堂子胡同国立法政专门学校，去参加北京各校学生代表在那里举行的集会。大会临时公推北大代表孟真先生为主席，邵飘萍报告了巴黎和会经过和我国外交形势，经过一小时左右的悲愤发言，主席当场宣布各代表迅速回学校召集同学下午一时在天安门集合，赴东交民巷的各国使馆示威，抗议巴黎和约。下午一点多钟，十几所中等以上学校的三千多学生，挥舞白色小旗，高举写着“取消二十一条，还我青岛，宁为玉碎，勿为瓦全”的标语牌在天安门前集合，这就是震惊中外的“五四运动”。

学生的反帝爱国运动，受到了北洋军阀的镇压，大批学生被捕。5月5日，全北京的学生罢课，强烈抗议政府对学生大打出手的无耻行为。6日，学生成立“北京中等以上学校学生联合会”，并通电全国，组织散发传单，讲演等活动，全国各地纷纷响应。北洋政府迫于学生运动的压力，迅速罢免曹汝霖、章宗祥、陆宗舆的职务。

“五四运动”自爆发后在全国迅速发展，邵飘萍站在历史的高度，审时度势，不但利用《京报》这块阵地大篇幅报道“五四运动”，而且还针对时局的变化，5月5日至10日，在《京报》上发表了《外交失败第一幕》、《坚持到底》、《速释学生》、《研究对外之办法》、《再告工商实业界》、《内外交迫》，推动五四运动朝着正确的方向前进。在评论中，邵飘萍敦促当局释放学生，认为学生的奋起，非“由于私仇宿怨”，而是外交“困于绝境”，学生“出于天良”所致，“非法律范围所可限制，故群众之肇祸，与个人之故意犯罪大异”。为此，他提醒当局注意主张解散高校者和乘机报复者，“不平不当，且将激成全国之变”。

邵飘萍主张与日本等列强“斗争到底”，希望当局“当能严守”，“尤愿国民亦坚持到底，使各代表可始终利于不变之地位”。他预言，在中国国民之觉悟，与日本当局之野心成正比例而俱进之时，如果政府食坚持到底之言，“中国可悲，日本也绝非可喜之事”。他在文章中还鼓励工商实业界要迅速加入到学潮中去，希望工商实业界奋起对外，以和平切实而且持久的办法，尽国民外交之责任，千万“勿效官僚政客之空言”。邵飘萍更是直言不讳坚决支持学生的爱国反帝运动。5月10日，他继续在《京报》上一次又一次地发表评论，高声呐喊“大祸临头，忍无可忍”，夜以继日地撰写《日本之野心益暴露矣》、《外交失败之补救》、《万众一心》、《求诸己》、《斥京津日日新闻》、《国民与政府之对外》、《请政府绵密注意》、《今之所谓公理》等20多篇文章。