“五四”时期，邵飘萍大胆揭露北洋政府的卖国行径和镇压学生的暴行，政府当局把他当作眼中钉、肉中刺。“欲加之罪，何患无辞。”《京报》发表文章《鱼行老板》、《猪子营生》，讽刺曹锟贿选，更激怒了军阀政客。该报又转载上海《时事新报》一短文，隐讥当时为司法总长的安福系败类朱深，以聚敛所得供安福系政客贿选总统。原文写的不是朱深的真名，但明眼人都知道是讽刺朱深。读者大呼过瘾，朱深却勃然大怒，下令查封《京报》，派军警包围报社，邵飘萍仓促从屋顶爬出，辗转小巷，乘黄包车躲进东郊民巷六国饭店，当局曾以各种理由引渡，但都没有成功。邵飘萍想法设法潜出六国饭店至丰台区，再改变装束，混于旅客中，乘车逃离北京至天津。北洋政府没有逮捕到邵飘萍，就在全国通缉他，并于1919年8月22日查封《京报》馆，判邵飘萍的战友兼合伙人潘公弼两个月的监禁。

到了天津，邵飘萍把行踪电告不住《京报》馆内的祝文秀女士。祝女士急忙赶往天津与邵飘萍见面。听完邵飘萍的讲述，祝女士才知道是司法总长朱深要抓他。祝认为天津不是安全之地，要他千万注意隐蔽，不要随便外露。为躲避查房的麻烦，他俩住进了外国人开的宾馆。在天津，邵飘萍继续以笔名挥笔撰文，议论朝政。因为写作需要书，当时天津兵荒马乱，邵飘萍一时无法买到所需之书，他便灵机一动，准备派祝女士回北京取书，一方面，他可以拿到自己所需之书，写出更多针砭时弊的文章，另一方面，邵飘萍正想考验祝文秀的胆识，在血雨腥风中锻炼她，逐渐使她成为自己的得力助手。临行前，邵飘萍叮嘱祝文秀要相机行事，当心眼线。

为了逃避敌人的眼线，祝文秀进站不乘客车，设法搭上了篷车。到北京后，她到邵飘萍夫人汤修慧那里要齐了邵飘萍所需之书，顺利返回天津。邵飘萍非常高兴地说：“这是锻炼你，今后有很多事需要你帮我去做，将来你可以成为我的第三只手。”没有逮住邵飘萍，朱深觉得很没面子，于是，在全社会公开悬赏追捕邵飘萍。在邵飘萍天津住房周围，也有朱深的暗探，军警似乎对邵飘萍的行踪有所察觉，这使得邵飘萍和祝文秀不得不离开天津，于是，他们乔装打扮乘火车前往上海，邵飘萍打扮成工人，在一节三等车厢的角落里装睡，祝文秀穿着母亲衫打扮成保姆在同车厢另一个角落里。

来上海不久，因为不断的颠沛流离，邵飘萍病倒了，高烧不退，身体日渐消瘦。然而，即使在生病，他也不忘用手中的笔与反动政府做斗争。他将一条凳子放在床上作为桌子奋笔疾书，每天撰写大量的文稿，由祝文秀女士邮寄到各报馆。除了写评论时事的文章外，邵飘萍还写作剧本讽刺当时上层阶级的腐朽生活。祝文秀清楚地记得邵飘萍在上海期间写编过一个剧本《醋熘黄鱼》。她说：“有天深夜我一觉醒来见阿平还在写作，就披上依法凑过去看，只识‘醋熘黄鱼’几个字。我以为是开菜单，要请人吃饭。阿平说不是，说过段时间我会知道的。过了不久，阿平要我陪他去看戏，剧场门口的戏牌上写着‘醋熘黄鱼’四个字。看了戏之后，我才知道‘醋熘黄鱼’是阿平写的剧本，是一本讲上海哈同花园主人大妻小妾争风吃醋的讽刺剧。当时上海几个剧院同时上演该局，轰动一时。”

在上海期间，邵飘萍的处境使得他的报友张季鸾等为他担心，认为在上海东藏西躲不是办法，于是建议邵飘萍去日本一段时间，以躲避北洋政府的追杀，并向他推荐了朝日新闻社。朝日新闻社在日本甚至在世界都享有很多的声誉。由于张季鸾在新闻方面的突出贡献，当时的朝日新闻社向张先生发出了工作邀请。张季鸾将这个机会让给了四处逃亡的邵飘萍。邵飘萍感激之余，欣然接受了这个难得的机会。