对于“整理党务案”的实施，陈独秀在7月中共中央四届三次扩大会议上明确提出：过去对蒋介石的力量估计不足，原以为民族资产阶级没有力量，现在看来蒋介石就是民族资产阶级的代表。而对民族资产阶级，不联合不行，不反对也不行，“明知其为将来之敌人，或者即是一年或三年后之敌人，而现在却不可不视为友军，且为有力之友军。”

会议最后通过决议：努力扩大左派，并与他们密切联合，共同应付中派，公开反对右派，以此争取国民运动的领导权。但会议对北伐战争没有引起足够重视，陈独秀受共产国际的影响，对北伐抱有消极态度，他在7月7日《论国民政府之北伐》一文中指出：

“革命的北伐时期尚未成熟”，“北伐只是讨伐北洋军阀的一种军事行动，还说不上是和帝国主义者直接的武装冲突”，“若其中夹杂有军事投机的军人政客个人权位欲的活动，即有相当的成功，也只是军事投机之胜利，而不是革命的胜利”。

他认为现阶段国民政府的重点，是巩固广东革命政府基地。

此文章一经发表，立刻在广东引起轩然大波，不仅遭到国共两党的反对与批评，甚至连鲍罗廷都对此很有意见。

鲍罗廷自然知道莫斯科对北伐的态度，但他本人绝口不提共产国际关于“马上北伐为时尚早”的意见，这其中自然有他个人的想法。“中山舰事件”后鲍罗廷接替季山嘉重回广州，原是带着与蒋介石消除“误解”修复关系的重任，但到广州之后才发现，他根本无法完成使命，惟有曲意迎合方能取得蒋介石的信任。

而鲍罗廷个人的想法是，准备乘蒋介石北伐不在广州之机，对国民党最高权力中心施加影响。不料蒋介石考虑到武汉地理位置的重要，于9月提出迁都武汉。开始时鲍罗廷持反对意见，但后来注意到蒋介石无法到武汉亲政，立刻改变主意，决定利用蒋介石与唐生智等地方派系的矛盾，与蒋介石相对抗。同时迎接避居莫斯科的汪精卫出山，联合一切反蒋势力，逼蒋介石交权。

12月国民政府迁都武汉后，鲍罗廷立即提议在中央执行委员会政治会议迁到武昌之前，先由中央执行委员和国民政府委员组织临时联席会议，行使“最高职权”。此提议当即顺利通过，并决定司法部长徐谦为联席会议主席。

而蒋介石及代理其中央常务委员会主席职务的张静江均被排除在外。在次年3月召开的二届三中全会上，蒋介石更是大权旁落