未料蒋介石闻悉后，于4月3日发表通电，声明中山舰事件全系个人局部问题，指责西山派煽惑挑拨，陷害党国，摧残革命，是帝国主义的工具。4月5日，蒋介石接到谢持等人来电，获知他们欲来广州开会，“恨其思利用机会以捣乱”，置之不理。4月8日，蒋对中央军校官生发表演说，再次申言上海西山派举行的“二大”是非法的，西山派是本党的罪人和仇敌，号召群起而攻之。4月10日，又以国民政府的名义发出通缉令：“遇有伪代表大会派人来粤煽乱，即予拿解法庭，照叛逆治罪，以肃法纪”。 鲍罗廷希望以让步换取蒋介石对国民党右派的镇压，蒋介石在这方面也给了鲍罗廷以某种满足。5月27日，蒋介石与鲍罗廷商议“肃清反动派”事。30日，蒋下令拿办吴铁城，并劝告伍朝枢离粤。这两人均是鲍罗廷眼中的右派。

西山派本以为蒋介石已经右转，经过一个多月的观察，西山派感到失望了。蒋介石为维持在广州中央的权位，希望得到苏俄、中共的支持，因而有意与被中共定义为“右派”的西山派划清界线。西山派“老同志”们与蒋的关系也趋于恶化。

1926年5月蒋介石主持召开了二届二中全会。以往研究者大多关注这次会议所通过的《整理党务案》对中共所加的种种限制，如规定在国民党高级党部任职的中共党员人数不得超过1／3，并不得充任国民党中央之部长等。而另一方面往往被忽略：蒋首次以大会决议案的形式确认国共“两党合作”关系， 而且决议组织两党联席会议。 亦因为此，西山派对蒋介石的《整理党务案》提出了严厉批评，认为《整理党务案》是蒋介石与共产党订立的妥协条件，将“容纳共产分子”变为“两党合作”，意味着国民党从此将变成“国共联合党”。 在西山派看来，《整理党务案》是国民党由“容共” 转向“联共”的标志。 从此，西山派以“赤化”攻击蒋介石。蒋介石对西山派“老同志”也深怀恶感。

二 宁汉分裂，借重“四老”

中山舰事件，蒋介石虽然是最大的赢家，但事件引发的一连串后果，也是蒋介石所始料不及的。

如同汪精卫借廖案排胡，引发一批“老同志”从“友道信义”上指责汪氏一样，中山舰事件同样在国民党内引发一批人对汪的同情和对蒋的不满。那时国民党人对“友道信义”似乎特别看重。中山舰事件后，蒋介石很快弄清“倒蒋阴谋”并不存在，是自己多疑、多虑，而反应又过敏、过激，因而对外界的解释始终半遮半掩，欲说还休。扑朔迷离之际，党内各方难免对蒋起疑心。据陈公博描述，汪精卫出走后，党内高层“各人皆似失了一个重心”，“各人皆认定是中国革命前途的损失”；“汪先生既因三月二十之变出走，虽然大家以为是一个闷葫芦，但抱不平而希望他回来的企图倒是很普遍而到处酝酿。因为汪先生的出走，大家遂想到三月二十之变；因为想到三月二十之变，大家遂不满于蒋先生。那时虽然说不上反蒋，可是崇拜汪而惧怕蒋倒是一个显而易见的心理。唯其三月二十之变太莫明其妙，所以一般党人和将领都有点寒心，就是没有汪先生在国府那一段的成绩，大家也有点芒刺在背的恐怖。”