在同门之中，钱玄同不仅和黄侃关系不睦，和鲁迅后来也极疏远。

1927年2月18日，已经与《新青年》同人陈独秀、胡适、钱玄同、陶孟和、刘半农等人断绝来往的鲁迅，在香港青年会所做的演讲《无声的中国》中，说：“中国人的性情是总喜欢调和、折中的。譬如你说，这屋子太暗，须在这里开一个窗，大家一定不允许的。但如果你主张拆掉屋顶，他们就会来调和，愿意开窗了。没有更激烈的主张，他们总连平和的改革也不肯行。”并把“胡适之先生所提倡的‘文学革命’”的成功，在很大程度上归因于钱玄同：“这是怎么一回事呢？就因为当时又有钱玄同先生提倡废止汉字，用罗马字母来替代。这本也不过是一种文字革新，很平常的，但被不喜欢改革的中国人听见，就大不得了了，于是便放过了比较的平和的文学革命，而竭力来骂钱玄同。白话乘了这一个机会，居然减去了许多敌人，反而没有阻碍，能够流行了。”

而钱玄同虽然在1932年的日记中曾有“购得鲁迅之《三闲集》与《二心集》，躺床阅之，实在感到他的无聊、无赖、无耻”之语，在鲁迅去世后，更对其出版的书信集中提到自己时所说的“好空谈”“胖滑有加，唠叨如故”耿耿于怀，但在其回忆文章《我对于周豫才君之追忆与略评》中，还是以客观平实的笔调记述了自己与鲁迅交往的过程，并对鲁迅的长处做出了公允的评价。“他治学最为谨严，无论校勘古书或翻译外籍，都以求真为职志，他辑《会稽郡故书杂集》与《古小说钩沉》，他校订《嵇康集》与《唐宋传奇集》，他著《中国小说史略》，他翻译外国小说，都同样的认真。这种精神，极可钦佩，青年们是应该效法他的。日前启明对我说，豫才治学，只是他自己的兴趣，绝无好名之心，所以总不大肯用自己的名字发表，如《会稽郡故书杂集》，实在是豫才辑的，序也是他做的，但是他不写‘周树人’而写‘周作人’，即是一例；因为如此，所以他所辑校著译的书，都很精善，从无粗制滥造的。这种‘暗修’的精神，也是青年们所应该效法的。他读史与观世，有极犀利的眼光，能抉发中国社会的痼疾，如《狂人日记》、《阿Q正传》、《药》等小说及《新青年》中他的《随感录》所描写所论述的皆是。这种文章，如良医开脉案，作对症发药之根据，于改革社会是有极大的用处的。”

而对于鲁迅的短处，钱玄同认为也有三点。“多疑。他往往听了别人几句不经意的话，以为是有恶意的，甚而至于以为是要陷害他的，于是动了不必动的感情。轻信。他又往往听了别人几句不诚意的好听话，遂认为同志，后来发觉对方的欺诈，于是由决裂而至大骂。迁怒。譬如说，他本善甲而恶乙，但因甲与乙善，遂迁怒于甲而并恶之。”

毕竟是深交过十数年，相比于很多对于鲁迅的极端谩骂，钱玄同的这个评价大概庶几近之。