国立长沙临时大学师生三路入滇示意图西迁昆明时，国立长沙临时大学师生兵分三路，大部分教师、家眷、女生和体弱的学生沿粤汉路和水路经中国香港、越南而入中国云南；另一路线则是乘坐汽车，沿湘桂路经中国广西镇南关、越南进入中国云南；最艰苦危险的是第三条线路，由闻一多、黄子坚、曾昭抡、吴征镒等11位教师和250名学生组成的“湘黔滇旅行团”横跨三省，沿湘黔公路步行前往中国云南，带队的两个团长，一个是张治中将军派遣的中将黄师岳，一个是南开大学教务长黄钰生。当他们于1938年4月28日，历时68天，行程3 500公里，从湖南徒步走到云南，面对着前来迎接的临大常委梅贻琦，团长黄师岳抬起手行了一个庄重的军礼：“我把你的学生都给带来了，一个都不错，一个都不少，我交给你了。”这一段艰苦卓绝的迁徙，被称为教育史上的一次奇迹。

“湘黔滇旅行团”抵达昆明，西南联大常委梅贻琦亲自前往迎接祝贺1942年，53岁的梅贻琦以清华大学校长的资格与北大校长蒋梦麟、南开校长张伯苓共同担任西南联大常委。因为张、蒋二人在重庆都另有要职，所以西南联大的担子就压到了梅贻琦一个人肩上，用张伯苓对梅贻琦说的话就是“我的表你戴着”，而蒋梦麟则说“在联大我不管就是管”。

北大、清华、南开各有各的传统和风格，要把这三个学校合并起来，又能互相融合并非易事。抗战之初，国民政府曾经设想组建东南、西北、西南三所联合大学，其中，东南联大胎死腹中，西北联大先合后分，只有西南联大从建立到抗战胜利后解散，前后历经九年时间，成绩卓然，这其中梅贻琦可以说是功不可没。

三校联合之初，就师生人数、资金数额、学科配备等实力比重而言，清华居首，北大次之，南开较弱，清华、南开本来有“通家之好”（梅贻琦是南开的首届毕业生，张伯苓及其胞弟张彭春曾先后出任清华学校教务长，当时代理南开事务的秘书长黄钰生则毕业于清华），两校之间的关系一直融洽，但是要让一直以“最高学府”自诩的北大没有意见，则是一件不容易的事情。

首先，梅贻琦在西南联大处理三校关系时，始终不偏不倚，使得西南联大能够“同不妨异，异不害同；五色交辉，相得益彰；八音合奏，终和且平”。比如，梅贻琦为了解决抗战时期西南联大师生生活困难的问题，利用清华工科院系的人力和设备，在清华校友中募集资金，开办了“清华服务社”，下设机械工厂、机制木材厂、农场、碾米场等，其创造的收入不仅补贴清华教师，同时还用来补贴联大教师。傅任敢总结梅贻琦之所以能够如此的“关键与奥妙”，在于“梅校长的‘大’，他心中只有联大，没有清华了”。

其次，梅贻琦一直坚持“自由独立，兼容并包”的办学态度，西南联大没有因为政治原因辞退过一位教师，学生也可以自由选择自己的信仰。当时，国民政府欲加强对大学的控制，要求凡是院长一定要加入国民党，西南联大法商学院院长陈序经对他的一个学生很坚决地说：“如果一定要我参加国民党，我就不做这个院长！”1946年6月，梅贻琦在重庆和当时的教育部部长朱家骅吃饭，他问朱家骅：大学可否不设训导长？青年团可否不在校内设分团？一次在与傅斯年、杨振声、闻一多、闻家驷、吴晗等左右两派人物均有的聚会之后，梅贻琦在日记中写道：“余对政治无深研究，于共产主义亦无大认识，但颇怀疑。对于校局，则以为应追随蔡孑民先生兼容并包之态度，以恪尽学术自由之使命。昔日之所谓新旧，今之所谓左右，其在学校应均予以自由探讨之机会，情况正同。此昔日北大之所以为北大，而将来清华之为清华，正应于此注意也。”