梅贻琦一向忙于校务，家里人怎样生活，是否挨饿，他全然不知，直到看到妻子如此狼狈，教授夫人们如此疲于奔命地维持生活，他才着了急，向教育部申请了一些补助。一次，教育部给西南联大学生一些补助金，梅贻琦的三女一子都在西南联大读书，但他却不让自己的孩子领取补助。韩咏华当时参加了昆明女青年会的活动，一同参加的还有龙云夫人、缪云台夫人等，大家轮流备饭，最困难的时候，轮到韩咏华的时候她实在拿不出钱，就在大西门旁铺一块油布摆个地摊，把孩子们长大后不穿的衣服、毛线头编结的东西以及她自己的衣服拿去卖，一早上卖了10元钱，才勉强把这顿饭准备上。

1942年，美国驻华大使特别助理费正清到昆明，拜访金岳霖、张奚若、钱端升等人，梅贻琦为费正清举办晚宴。西南联大的美籍教授温德告诉费正清，梅贻琦的月薪不足六百元，而这次宴会费用不下一千元，费正清后来在《费正清对华回忆录》中写道：“考虑到这个问题，我们送了他才一英寸高的一瓶专治疟疾的阿的平药片。它应当能换回这一千元。”

据梅贻琦的弟弟梅贻宝回忆，1934年他赴美途中，在兄嫂家中住过一夜，“当晚只见祖彦侄闷闷不乐，迥异寻常”。临睡前在梅贻琦书架前给梅贻宝搭了张行军床，梅贻琦一边处理公事，一边和兄弟叙谈家常。问到祖彦，梅贻琦说，两天前跑警报，祖彦把一副眼镜连盒跑丢了，家里没钱给他再配一副，而他没有眼镜又不能念书，故而父子二人都觉十分窘困。

国立长沙临时大学迁往昆明后，经费一度非常困难，当时著名建筑学家梁思成、林徽因夫妇受梅贻琦之邀，负责为西南联大设计校舍。梁思成夫妇花了一个月时间，拿出了第一套设计方案，一个中国一流的现代化大学赫然纸上。然而，设计方案很快被否定了，理由是西南联大拿不出那么多的经费。此后两个月，梁思成夫妇把设计方案改了一稿又一稿：高楼变成了矮楼、矮楼变成了平房、砖墙变成了土墙，林徽因每改一稿都会痛哭一场……当梁思成夫妇交出最后一稿设计方案时，黄钰生无可奈何地告诉梁思成，经校委会研究，除了图书馆的屋顶可以使用青瓦，部分教室和校长办公室可以使用铁皮屋顶之外，其他建筑一律覆盖茅草，土坯墙改为用黏土打垒，砖头和木料的使用要再削减二分之一，希望梁思成再做一次修改。梁思成忍无可忍，他冲进梅贻琦的办公室，把设计图纸狠狠地摔在梅贻琦的办公桌上，痛心地喊道：“改！改！改！你还要我怎么改？我……已经修改到第五稿了，茅草房就茅草房吧，你们知不知道农民盖一幢茅草房要多少木料？而你给的木料连盖一幢标准的茅草房都不够！”梅贻琦叹了口气说：“正因为如此，才需要土木工程系的老师们对木材的用量严格计算啊。”梁思成听着，心软了，流下了眼泪，哭得像一个受伤的孩子。

就是在这种困难的情况下，当时的云南省主席龙云在人财物等方面给了西南联大极大的支持。一天，龙云特地来拜访梅贻琦，说孩子没有考取西南联大附中，请求破例录取。梅贻琦留龙云吃饭，席间，梅贻琦先生请教务长潘光旦安排老师晚上辅导龙云的孩子，等明年再考，同时言明老师的家教费得由龙主席自己支付。