婚后梅贻琦独自住在清华单身宿舍，只在周末回家。他将月薪分成三份，一份给父母，一份供三个弟弟读书，自己的小家只留三分之一。1921年，梅贻琦再次赴美进修，获得机械工程硕士学位，归国后继续在清华任教，这时才和妻子及两个女儿团聚。韩咏华回忆说：“这一时期，月涵下班后得以回家和儿女们共同生活了。从这时起我才逐渐了解到他的性格是很温和的，对孩子们耐心，虽然很喜欢孩子，但绝不宠爱娇惯他们。记得三女祖杉还在襁褓之中时，月涵不让抱着，怕惯坏了孩子。他下班回来后把放着祖杉的柳条箱挎起来在屋里来回走一走，就算是哄孩子了。他不许孩子们挑食，吃饭时每人给一小盘菜，不适合孩子吃的东西就不给，喜欢吃的还可以添，但盘里的一定要吃掉。孩子们从小就养成了好习惯，成年后遇到困难的生活环境都能适应。我这做幼儿教育的人有时气急了还打过孩子，也曾把孩子锁起来以示惩戒。而月涵却从不打孩子，也从不急躁。他批评我说：‘你忘记自己是做什么工作的了。’”

对于梅贻琦的生活，韩咏华则记述道：“月涵担任校长后，他的生活几乎就只有做工作，办公事，连吃饭时也想着学校的问题。工作之余就是看看报纸，也未见他看过什么小说之类的东西。……几乎几年都没有什么娱乐活动。月涵很喜欢听京剧，但任校长后看戏的机会也少了，只在进城开会留宿时才偶尔看看。他对生活要求很简单，从不为穿衣吃饭耗用精力，也不为这些事指责家人。年轻时还喜欢打打网球，后来就没有任何体育活动了。我们住在清华校长住宅甲所时，宅旁有一小片土地，月涵把他开辟为小花园，每天清晨起来自己去收拾花草，既是爱好，也是锻炼身体。他特别喜欢一种倒垂下来的叫做‘倒草’的绿色植物。有一次他出去开会两个星期，回来后发现倒草枯死，真是动了气。”

“他的情趣是那种很单纯的，一种……不晓得……一种很特别的幽默感。”梅贻琦的儿媳、北大退休教授刘自强在接受记者采访时，眼睛微微向上，沉浸在一种温馨的回忆中：“那时候校长住在清华园甲所。我有一次去他那儿，梅太太病了，我就看见他到前面的小花园里，摘了一朵他自己种的花，紫色的，不知道叫什么名字，到梅太太的卧室去送给她。”

1948年底，傅作义将军息兵，共产党军政人员开始入驻北平。梅贻琦和当时许多知识分子一样，面临着走还是留的选择。梅贻琦离校那天，当时也在清华任教的吴泽霖教授在学校门口碰见梅，吴在《在回忆梅贻琦先生座谈会上的讲话》中回忆说，他问梅是不是要走，梅说：“我一定走，我的走是为了保护清华的基金。假使我不走，这个基金我就没有办法保护起来。”当时，周恩来和吴晗都曾经表示希望梅贻琦留下来，但是梅贻琦还是遵从了自己的判断，可以说梅的判断和选择代表了当时一些自由主义知识分子对时局的看法。晚年对一位无话不说的友人谈及自己当初为什么选择离开大陆，梅贻琦说：“我若留在大陆，只能有两个结局：一个是做×××（指‘右派’之类），一个是做傀儡。这两者都是我不愿意，所以只能离开。”（赵赓飏《梅贻琦传稿》）李济曾评价梅贻琦说：“他很现实，不从事政治，但对政治认识很清楚。”