鲁迅所以选择现代医学，可能与其父亲为庸医所误的一段痛苦记忆有关。但是，对于一个全身心为民族的事业所系，并且立志献身科学的青年来说，显然有着更为远大的考虑。对此，他本人有几种说法。最值得重视的是，他说的通过翻译的历史书，知道了日本明治维新大半发端于现代医学的事实。还有，当时战争频仍，从实践的方面，将来还可以当军医，在战场上救护为独立自由而战的战士。自然，东京留学生的日常状态，诸如把大辫子盘成富士山一般或者盘作小姑娘的发髻一般，整日大吃墩牛肉，大跳其舞等等，使他感到失望，也未尝不是远离东京，到北方这座偏僻的森林城镇里来的原因。

直到鲁迅到来之前，仙台还没有一个中国学生。

在医专，鲁迅所感受到的周围的空气是冷漠的，凛冽的，寒意袭人的。唯有一个人，能给予他这个异国游子以特别的温暖，就是担任解剖学的教授藤野。

藤野教学十分认真，虽然平时穿衣服之类太马虎，或竟有忘记带领结的时候。他对中国的事情是关心的，像中国的女人如何裹脚使足骨变成畸形，便亲自向鲁迅了解过。对于眼前这个中国学生，自然充满冷爱之意。他要鲁迅抄下讲义，并且每星期送给他看一回；他就在讲义上用红笔添改，连文法的错误也都一一做了订正。这样，一直持续到教完他所担任的功课为止。有一次，因为讲义所记的血管移动了一点位置，他也特意把鲁迅叫到他的研究室里去，和蔼地指出来，并且对科学和美学的区别做了解说。

在日本学生看来，藤野对于异国学生的教育未免太特殊了，于是制造一些恶作剧，向鲁迅发起挑衅。因为要开同级会，学生会干事便在黑板上写通知，末一句是“请全体到会勿漏为要”，而且在“漏”字旁边加了一个圈，实际上在讥刺鲁迅，暗示他所以有较好的成绩，原因是得了教师泄漏的题目。接着，又通过邮差给鲁迅送了一封匿名信，模仿托尔斯泰给俄国和日本皇帝的信的开头，直接引用《新约》的句子：“你改悔罢！”其次，有流言说是上年度解剖学的试题，是藤野预先在讲义上做了记号，透露给了鲁迅，所以能有较好的成绩的。由此，鲁迅悟到：中国是弱国，所以中国人当然是低能儿，分数在60分以上，并非自己的能力所能及，变得很可疑了。

第二年，鲁迅经受了一场更大的刺激，结果中辍学医，并且提前离开了仙台。