从宫中出来，袁世凯在宫门口正好撞见他的恩师荣禄。荣禄问他：“这么晚了，慰亭来宫中作甚？”这时，袁世凯的万人军队正停留在皇城之外，选择光绪还是选择慈禧就在一念之间。如果在金銮殿上，袁世凯还在犹豫不决，见到荣禄之后，他的立场就已经明确了，在荣禄的追问下，袁世凯告知了事情的始末。9月，慈禧发动政变，囚禁光绪，康有为、梁启超只能逃到国外，以谭嗣同为首的“戊戌六君子”惨遭杀害，持续了三个多月的维新变法运动宣告失败。

值得一提的是，在这件事情上，袁世凯并非后人想象的那么冷酷无情。戊戌六君子被杀后，他曾在给徐世昌的家书中写道：“此非弟卖主求荣，实缘荣禄是余恩师，遂使忠君之心，而被天良所战胜，断送六君子之命，弟之过也……若然拘囚太后，后世又将责弟助君为不孝也。”

从他给徐世昌的家书中我们看到，袁世凯其实是处于两难的境地，对于戊戌六君子的被害，他也亲口承认是自己的过错。

因为帮助了慈禧，袁世凯得到了朝廷很高的待遇，他的仕途也越来越顺利。1899年，山东义和团起义，义和团打着忠君爱国的旗号，焚毁教堂，杀死洋人，当时山东属于德国的势力范围，义和团的兴起让德国头痛不已。起初，慈禧因义和团杀洋人灭洋人，感到心中大快，对义和团没有进行强有力的镇压。袁世凯任职山东巡抚后，发现这样一来就激化了中国和德国之间的矛盾。为了尽快平息与德国的矛盾，袁世凯对义和团进行了镇压。

但另一方面，袁世凯也不是完全维护洋教徒。他以保护的名义把西方教会集中起来，实际上是加强对其监管，防止其在中国再生事端。这个做法尽管引起了驻扎在山东的外国使臣的不满，袁世凯却仍旧强制执行。慢慢地，在袁世凯的治理下，山东出现了一段相对稳定的局面。

可以说，在处理山东复杂局势上，袁世凯做得相当圆滑。一方面，他通过镇压义和团运动维护了清廷与各国之间的关系，另一方面，他以保护的名义限制了洋教徒在山东的行动，在一定程度上减少了教案的发生。

义和团在山东的活动被限制，他们转而攻入直隶，直逼京城。义和团随后杀入天津、北京，这反而给袁世凯带来了极大的机会。义和团所到之处必切断当地所有电线，这样一来，南方各省与逃至西安的慈禧之间的联系就被切断，各省只能通过袁世凯这个“中转站”向朝廷汇报政务，朝廷也只能通过袁世凯向南方各省下达命令。这个时期，袁世凯利用各省与中央政府通讯不便的时机，将山东的补给饷银送到西安，解决了朝廷官僚们的燃眉之急，不仅得到了慈禧的感激和赞赏，连袁的反对派也对他连连称赞，一时间，清朝廷形成了一边倒支持袁世凯的局面。

袁世凯在山东的出色表现使他进一步得到了朝廷的提拔。1901年，李鸿章弥留之际，极力举荐袁世凯接任自己北洋大臣兼直隶总督的职务，与其他各省不同，直隶省紧邻北京，其地位比任何一省的总督都高，几乎等于“一人之下，万人之上”的位置。担任直隶总督期间，袁世凯“一手拿金子，一手拿银子”，他的身边聚集了一大批甘心为其奔走的人才，被袁世凯贿赂过的人上到慈禧太后王宫贵胄，下到普通官员宫女太监。袁世凯也因此备受后人诟病。

袁世凯善于用人，更善于收买人。他通过威逼利诱等手段，苦心经营着自己的关系网。担任直隶总督期间，袁世凯也曾遭到过反对者的弹劾。但是，上到慈禧下到太监都被袁世凯收买，在这样的情况下，反对者弹劾袁世凯实在是螳臂当车，毫无作用。

袁世凯把持朝政多年，直到光绪、慈禧相继去世，幼帝溥仪即位，一直对袁世凯心怀不满的摄政王载沣才下令革除了袁世凯的职位。1908年，袁世凯回到了河南老家静养休憩，等待再次出山的时机。