在这一对战争充满忧虑的时期，随着立法工作忙碌的步调，杰斐逊完成了宣言的起草。在这样的背景下，他的措辞更有力，而不是更无力地开了一扇窗，直抵他的思想和内心世界。他提炼出一种启蒙时期关于个体的神圣和核心地位的看法，认为自治是事物本质的一部分。

在有关人类事务的发展过程中，当一个民族必须解除其和另一个民族之间的政治联系，并在世界各国之间依照自然法则和自然之造物主的意旨，接受独立和平等的地位时，出于人类舆论的尊重，必须把他们不得不独立的原因予以公布。

我们认为下面这些真理是不言而喻的：人人生而平等，造物者赋予他们若干不可剥夺的权利，其中包括生命权、自由权和追求幸福的权利。为了保障这些权利，人类才在他们之间建立政府，而政府之正当权力，是经被治理者的同意而产生的。当任何形式的政府对这些目标具破坏作用时，人民便有权利改变或废除它，以建立一个新的政府。其赖以奠基的原则、其组织权力的方式，务使人民认为唯有这样才最可能获得他们的安全和幸福。

私下里，杰斐逊有着最好的编辑：“不言而喻”这个词便出自本杰明·富兰克林之手。总之，杰斐逊所撰写的宣言草案是一个有哲学框架的政治承诺。它是一个政治家在一个特定的时刻创造出来的，目的是满足其受众的特别关注。而这群极其复杂的受众包括还在犹豫不决的美国人民、全副武装的士兵，以及全球的潜在盟友。

1776年夏，杰斐逊马不停蹄地工作着，既要在他的住处草拟宣言，又要执行大陆会议的职责。宣言起草好后，会议决定将它分发至“各个集会、政党代表大会、委员会和安全理事会，以及大陆军队的众指挥官；宣言还需在美国的各个州，以及军队的领导层予以宣布”。对该宣言有投票权的选民包括所有殖民地的宣言读者（特别是在民意仍倾向于反对独立的地区）和为了美国独立事业在军队服役的士兵们。针对不同类型的选民，杰斐逊对英王乔治三世提出了一长串指控，其中有些非常晦涩难懂，甚至他的同代人都很难理解。

杰斐逊草拟的《独立宣言》受到了多方面的影响，包括洛克、孟德斯鸠、苏格兰启蒙运动中哲学家们的思想，詹姆斯·威尔逊撰写的小册子《从性质和程度思考英国议会的法律依据》，乔治·梅森为弗吉尼亚州起草的一项宪法法案《弗吉尼亚权利法案》。

在《独立宣言》的起草过程中，杰斐逊也曾与富兰克林和亚当斯探讨。（在写给富兰克林的一个便条中，杰斐逊说道：“宣言已经委员会阅读完毕，并进行了几处小的改动。”当时，富兰克林因患痛风和疮疡不便出行。“富兰克林博士，能劳烦您仔细研读这份宣言，并以您更为宽广的眼界提出一些修改建议吗？”）

杰斐逊毫不吝惜对英国以及英王乔治三世的抨击，包括采用严厉的措辞谴责奴隶贸易。他曾在弗吉尼亚州提出反对奴隶制的措施，尽管这些措施在法院和城镇自治议会上均已惨遭否决，在起草宣言时，他还是决定再做一次尝试，使大陆会议在奴隶制这一问题上采取较为先进的立场。

然而，他又一次失败了。亚当斯对杰斐逊所写的内容一直记忆犹新。他回忆说：