接着，周氏兄弟也披挂上阵，撰文批评章太炎。一贯温文尔雅的周作人，一反常态，先是在《思想界的倾向》一文中，批评了章太炎在上海的讲学，说讲学是好事呀，但他讲学对整理国故并没什么帮助，“只落得培养多少复古的种子，未免是很可惜的”。不久，周作人又仿效当年章太炎对老师俞樾所为，也发表《谢本师》称：“我相信我的师不当这样，这样的也就不是我的师。先生昔日曾作《谢本师》一文，对于俞曲园（俞樾）表示脱离，不意我现今亦不得不谢先生，殆非始料所及。”

鲁迅则批评章太炎：“原是拉车前进的好身手”，“这回还是请他拉，拉还是拉，然而是拉车屁股向后，这里只好用古文，‘呜呼哀哉，尚飨’了。”用语甚是尖酸刻薄。

作为章太炎的得意弟子，吴承仕对其师与钱玄同、周氏兄弟的态度截然不同。从拜师起，终其一生，他都对章太炎尊重崇敬，为章门弟子中尊师的楷模，师生的情意也最为深厚，前文已讲过，章太炎与弟子书信，写给钱玄同五十九封，而给吴承仕则多达八十九封，为章门百人弟子中最多。

从《章太炎书信集》看，章太炎与吴承仕的交往很早，可追溯到清末，吴承仕为清廷大理院主事时，他曾两次致章太炎书信，请教典章制度等学术问题。须知，那时的章太炎可是清廷宁拿沪宁铁路主权，换取其脑袋的钦犯。吴承仕的眼光和勇气令人钦佩。吴承仕正式拜章太炎为师，已是辛亥革命之后了。那时吴承仕为民国政府司法部佥事，章太炎因反对袁世凯被软禁于东四钱粮胡同，章太炎绝食七天抗争，并写下“我死之后，华夏文化亡矣”的遗言。钱玄同、吴承仕携酒食去探望。吴承仕劝章太炎曰：“刘表要杀祢衡，自己不愿戴杀士之名，故假黄祖之手。如今袁世凯比刘表高明，他不必劳驾什么黄祖，而让先生自己杀自己。”章太炎闻后，即停止绝食。吴承仕以司法官身份，经常到章太炎幽禁处探望并送衣奉饭。在长达三年的囚禁中，也是他们师生教与学、相互切磋学问的日子。每次探讨学问，吴承仕回去都认真梳理，整理成文。章太炎出狱后，《蓟汉微言》也紧跟着问世。

章太炎不畏权势，敢于伸张正义，一生多蹇。先遭清政府通缉，后又被窃国大盗袁世凯幽禁三年。1927年后，他因批评蒋介石摧残救国运动等罪行，再遭当局两次通缉，不得已隐居三年。吴承仕不畏迫害，坚定站在老师一边，经常与章太炎通信，还在自己创办的《盍旦》杂志上，发表自己撰写的《特别再提出章太炎的救国路线》，文中说：“他的民族意识，是最敏感最坚固最彻底的，同时他那不屈不挠的节操，经过坐牢三年，软禁一年，绝食七日种种艰苦，到现在仍保持不变。”文章还举章太炎曾致电当局，“学生请愿，事出公诚，纵有加入共产党者，但问今之主张如何，何论其平素？……对此务宜坦怀”，来证明章太炎“救亡主张和对当局的态度，是一贯的而非枝节的，是必要的而非偶发的”。

此文的发表，消除了人们对章太炎冠以“复古”的偏见，为章太炎正名。这其间也是对章门弟子中钱玄同、周氏兄弟等人对章太炎误解的一种反驳吧。

前文曾提到，1932年章太炎北上北平讲学之事，据当年中国大学学生王西彦回忆，是“1931年，吴承仕先生邀请太炎先生来讲学”的。“老先生端坐讲台，弟子检斋（即吴承仕）、玄同、逖先、幼渔、兼士等垂手分立左右，太炎先生口操浙语，口若悬河讲述，玄同先生以国语翻译，检斋先生帮助板书”。至此，为章太炎板书者，或曰半农、或曰玄同，此又曰吴承仕，足见史料的混乱。但章门弟子，尊师如事亲，在后来成为作家的王西彦的文中有清楚记叙，对章太炎，“我们青年眼中的权威名教授，却始终毕恭毕敬，站着不敢有怠。足见当时师之尊弟之敬的程度，至今传为美谈”。