齐大虽在济南创建并招生开课，但长时间未能正式立案。14年后的1931年12月，在号称基督徒孔祥熙关照下，南京国民政府教育部才批转山东省教育厅呈文，准予在济南立案，承认其正式的合法地位。因孔氏对此出力甚大，按中国特色的处事哲学，齐鲁大学主动聘请孔祥熙担任了该校的名誉校长。

关于孔祥熙与齐鲁大学的情缘颇有戏剧色彩，其源头要追溯到庚子年（1900年）的拳匪之乱。那一年，由山东兴起的义和团席卷全国，京津一带特别是著名的北京西什库教堂等西洋人传教的据点，遭到了义和团拳匪的打砸焚烧。散落于中国各地的基督教堂，同样遭到了拳匪的攻击与焚毁，黄发碧眼的洋教士们在号称“刀枪不入”的义和团残渣余孽，以及京城小胡同里一帮土著加流氓无产者的围攻追杀下抱头鼠窜，身陷绝境。在这种形势下，美国公理会设在直隶通州（今北京市通州区）的潞河学院已无法上课，外国教师感到大祸临头，开始纷纷潜逃。此时，一个叫孔祥熙的晋籍青年学生也被迫离开学院，欲回山西太谷老家躲避。

时间上朔到1890年春，外国教会所办山西太谷福音小学招生，年幼的孔祥熙要求入该校读书，获得父亲的同意，但是族人多表示反对，认为此举违背了孔门子弟读“圣贤书”的光荣传统，是歪门邪道。经过多次争辩，最后以孔祥熙向族人承诺只在校读书，不信奉洋教乃被允入学。1894年底，祥熙小学毕业，成绩优良，但对八股试帖之类的制艺却未学习。为将来的前程打算，孔的父亲孔繁慈支持儿子继续念新式学堂，学习新式知识。次年，经太谷小学堂的外籍教师魏禄义推荐，孔祥熙来到直隶通州，入美国公理会所设的潞河书院读书。孔在校学习勤奋，由于国学根底较好，在随同传教士到校外讲道时，经常把儒家思想和基督教义结合起来以增强宣讲效果，从而受到书院高层的重视。潞河书院年轻美丽的女传教士麦美德，对孔氏尤为关注，认为这个整日满脸挂笑的山西小伙儿是个可造之材，遂以她出众的魅力与热情，最终引导年轻的孔祥熙接受洗礼，成为一名忠心耿耿的基督徒。