与蒙文通的命运相反的是北大图书馆馆长毛子水，在谈到毛与胡适的关系时，钱说：“子水北大同事，为适之密友，在北平时，常在适之家陪夫人出街购物，或留家打麻雀。”又说：毛子水见钱氏撰写的《国史大纲》引论在报上发表后，曾“愤慨不已”，指天发誓“将作一文批驳”，但终“未见一字”。如此这般描述，在时人和后人心目中颇有人缘和声望的毛子水之形象顿时一落千丈，简直不像一位鼎鼎大名的教授，而是一个专靠拍马溜须，阳奉阴违的小丑或佞臣了。

自蒙文通被胡适逐出北大之后，钱穆亦从中感到了一丝凉意，心中隐含落聘之忧，他在北平购书五万余册，尝笑语友人曰：一旦学校解聘，可摆一书摊，不愁生活。当然胡适对他，还没有到对待蒙文通的残酷地步，尽管二人失和，胡适从各方面考虑，仍继续聘他任北大教授。不过，一旦涉及到实际问题，胡的态度就变得敌友分明了。据北大文科研究所学生任继愈回忆，有一年历史系系主任陈受颐休假，有人提议系主任是否由钱先生接替。当时胡适任文学院长，说：“钱先生刚来北大时是副教授，现在已是教授了。”没有往下说，这个建议就搁浅了。到了台湾以后，胡适任中央研究院院长，在他有生之年，钱穆一直也没能评上院士。有一号称“台大历史系跑出一的一条小疯狗”名李敖者为此抱不平，认为“他（指钱穆）在古典方面的朴学成就，却更该先入选成院士。”然而，中央研究院无论是在大陆时期，还是迁台后的残山剩水，确是一直将其拒之门外的。 要说起这段恩怨，除了胡适之外，则与比胡适霸道百倍的傅斯年（字孟真）有很大关系。

当钱穆由燕京转北大任教时，中央研究院史语所已从成立时的广州迁往北平北海静心斋办公。期间傅斯年与李济、董作宾等兼任北大历史系教授，意在从学生中选拔人才，后来入所的胡福林（厚宣）等就是这一时期的北大学生。由于工作的关系，傅、钱二人相识。就像胡适对钱穆开始表现得很客气一样，傅斯年也禀承老师遗风视钱穆为上宾。据钱回忆：“孟真屡邀余至其史语所。有外国学者来，如法国伯希和之类，史语所宴客，余必预，并常坐贵客之旁座。孟真必介绍余乃《刘向歆父子年谱》之作者。孟真此意，乃以此破当时经学界之今文学派，乃及史学界之疑古派。继此以往，则余与孟真意见亦多不合。”这种不合，主要从学术观点引发，而学术观点就是学人的生命，此点不合，则很难在其它方面有所谅解与协作，最终导致个人关系破裂。在钱穆看来，傅斯年的学问和人品都有问题，他曾举例说：傅斯年“似主先治断代史，不主张讲通史。彼著述亦仅限先秦以上，即平日谈论，亦甚少越出此范围。凡北大历史系毕业成绩较优者，彼必网罗以去，然监督甚严。有某生专治明史，极有成绩，彼曾告余，孟真不许其上窥元代，下涉清世。然真于明史有所得，果欲上溯渊源，下探究竟，不能不于元清两代有所窥涉，则须私下为之。故于孟真每致不满。”[7]