在钱穆看来，当时的史学界有两大派，一是“疑古派”，一是“考古派”或称“科学派”。他对“考古派”所谓“以科学方法整理国故”的代表人物胡适、傅斯年辈颇不以为然。考古派迷信地下出土材料而将古代典籍抛之脑后，这个做法与疑古派一味疑古、否定典籍同样有害，甚至有过之而无不及。尽管钱穆认为以顾颉刚为首的“疑古派”搞的那个《古史辨》否定古史，疑而太过，变而过激，弄出了不少问题，仍认为“考信必有疑，疑古终当考”，只是钱氏“愿以考古名，不愿以疑古名，疑与信皆须考。”

对于原是同窗好友，后来反目成仇的顾颉刚与傅斯年各自史学观与治史方法的不同，钱氏曾直言不讳地说：“余与颉刚，精神意气，仍同一线，实无大异。而孟真所主，则似尚有迥异于此者。如其以历史语言二者兼举，在中国传统观念中无此根据。即在西方，亦仅德国某一派之主张。大体言之，西方史学并不同持此观念。其在中国，尤属创新。故在其主持之史语所，其时尚仅有地下发掘与龟甲文研究两门，皆确然示人以新观念，新路向。”[8]就中西文化的发展路径与方向，作为留学欧洲七载的傅斯年总比未离开家门口那块泥巴稻田的钱穆要明白得多，因而钱说西方史学界之观点云云，几乎就跟八岁孩童的梦呓没有什么区别，傅斯年不但不会同意，反之认为是歪理邪说。对此，钱穆当然不会服气，在钱氏眼里，傅斯年等所谓的“考古派”并无什么价值，无非是“震于‘科学方法’之美名，往往割裂史实，为局部窄狭之追究。以活的人事，换为死的材料”罢了。