1895年甲午海战爆发，北洋海军全军覆灭，结束了它注定悲惨的命运，这不仅标志着李鸿章洋务“新政”的破产，也标志着整个洋务运动沉没在历史的波涛之中。战后李鸿章受命赴日本春帆楼媾和，交涉期间遇刺负伤，最后订立马关条约，割让台湾、澎湖及辽东半岛并赔偿两万万两白银，因此背上卖国罪名。

1900年，八国联军攻入北京。帝、后西逃西安。由两广总督回任直隶总督兼北洋大臣的李鸿章又为清廷这所“破屋”承担起“糖糊匠”之责。但回天乏术，终未能挽救晚清大厦于将倾之势。

1901年，李鸿章签订《辛丑条约》，不久死在为收拾残局而又必然被人唾骂的悲情之中，谥文忠，晋封一等侯，被慈禧太后赞为“再造玄黄”之人。他成了中国近代史上最有争议的人物之一。