开皇十六年（公元596年）三月二十日，智顗致信杨广，再次请求离开江都。信中说：天台是他的终老之地，恐怕自己离死不远了。一旦不行，要弟子们把“焚烧余骨送往天台，愿得次生还栖山谷，修业成办乃可利人”。心情相当悲凉。数天后，又和杨广见面，当面告辞。杨广只有放归。

中国高僧都是大山之子，回到别离十二年的天台山，智顗无比舒畅，除了“负杖闲游”，还钻研经文。

597年八月，会稽嘉祥寺吉藏大师请智顗到会稽去讲《法华经》，智顗也拒绝了。智顗要一心在天台解经，建立自己完美的系统工程。

这次智顗应该在天台山住到底了吧。但是还不行。杨广还是不放过智顗。

果然，十月，杨广又一次派人上山奉迎，看来不下山不行。智顗预示到自己这次去江都，永远回不来了，就做了最后准备，把平日用的物件都送了人，“又画作寺图以为样式，诫嘱僧众”。在预示了自己必死之后，智顗启程，行至石门，感到身体不行，就对弟子智越等说：“大王让我来，我来了。知道我的命在这里，不走了。”

二十一日口授遗书并亲写四十六字给杨广，将其遗著《净名经疏》三十一卷交付给杨广，还嘱请杨广为南岳大师慧思作碑颂，又“乞废寺田为天台基业”，“为作檀越主”。智顗说：“此等之事，本欲面咨，未逢机会奄成遗嘱，亦是为佛法为国土为众生。”

大师在这一刻还是要为国土为众生。

然后不吃药，也不吃饭，静等时辰来到。

十二月二十四日未时，“右胁西向而卧”（面向西，右侧卧，是佛涅槃的姿势），安详入灭，春秋六十，僧腊四十。僧腊就是受戒出家后的年数。以每年夏安居结束的七月十五日为岁腊结束之日。十六日以后为新岁。