阿桂对屯田更有信心了，他继续对伊犁驻防和屯田进行了周密的计划和安排。九月，在给乾隆帝的奏文中，他提出了7条建议：第一，增派更多的维吾尔族农民到伊犁，大力推行“回屯”。阿桂有个估计，即乾隆二十五年的300名维吾尔族农民屯田收获量，“可敷屯田回人一千户之食”，而目前在伊犁的维吾尔人数目太少，最低还应再迁移700名去，才能使“回屯”有所发展。第二，增派数量更多的士兵，从事驻防屯田，即“兵屯”。阿桂把驻军分成两部分，满洲军队负责驻守，绿营兵专事屯种。根据当地自然条件和屯田发展前景的估计，阿桂建议将驻防的满洲兵再增加600名，与此相适应的是将现有的绿营兵100名增加到1000名，这既能完成驻守任务，又能保证驻防兵的军粮供应。第三，在发展屯田的基础上，逐步增加驻军的数目，提出“增派官兵请随时酌量定数”。阿桂认为如屯田的维吾尔农民和绿营兵都各达到1000名，到乾隆二十七年，就可以生产出足够五六千名士兵食用的粮食。粮食足用，就可以相应增加驻军的数目，以加强对这一地区的控制。第四，陆续修建城堡，保证屯田的顺利开展。阿桂经过实地调查知道，伊犁地区的要害地点，“河北则固勒札，河南则海努克”，“而地土肥饶之处则察罕乌苏”。因此他主张“应于海努克筑城，以回人300名屯田，用兵数百名驻防。察罕乌苏筑城，以绿营兵1000名屯田并驻防。固勒札须筑大城，凡驻防大臣公署、仓库咸在，以为总汇”。第五，筹集马匹和骆驼，设置沿途台站，以传递文书，运输物资。阿桂认为，伊犁现有的600匹马不够使用，应再购买1000余匹，再从乌鲁木齐调500匹骆驼，这样便可设置多处台站，保证信息的传递和物资的运送。第六，调运沿边粮食到伊犁，解决当前军队缺粮的困难。第七，从流放到新疆的犯人中，派能工巧匠赴伊犁，传授内地先进的生产技术。

阿桂的7条建议，很快得到乾隆帝的批准，并付诸实施，这就为伊犁屯田奠定了基础。同时，阿桂还组织人力制造农业器具和从事农业生产。由于屯田农民和士兵的辛勤劳动，伊犁屯田当年就获得丰收，“至秋丰稔，收粮皆倍，兵食以足”。这一年，清政府褒奖平定西北的功臣，以功劳大小为序，在紫光阁悬挂画像，阿桂被排在第17位。乾隆帝亲自撰文称赞阿桂：“心可干城，楚材继出，为国之桢”。

为了进一步发展伊犁屯田，从乾隆二十六年起，阿桂相继采取了进一步的措施：一是在伊犁牧群蕃息之时，禁止内地人到伊犁购买马匹和骆驼，以保证当地畜牧业的发展。二是大力招徕叶尔羌、喀什噶尔、阿克苏和乌什等地的维吾尔族民众来伊犁屯垦，以扩大屯田规模。同时，他还建议朝廷在伊犁和乌鲁木齐之间的玛斯纳、库尔喀喇乌苏和晶河等三处，“各酌派屯田兵，人各垦地十五亩，晶河以西归伊犁管辖，托克多以东归乌鲁木齐管辖”。

阿桂在大力发展屯田的同时，还制定和完善制度，加强对屯田的管理。乾隆二十七年正月，阿桂订立约束章程，在兵员的补充、钱粮的征收、官员的任选、产量的分配和屯军家属的养赡等5个方面都做了具体的规定。同年八月，固勒札和乌哈尔里克两地的城堡相继建成，乾隆帝亲自定名为“安远”城和“绥定”城。这两城完全是按照内地城市的模式建置，军营和民房依次分别。这些新城镇既是屯田管理的中心，又吸收四方商人来此交易，成为商业贸易的中心，“数千里地来往晏然”。