十年间，张元济一直没有放弃影印《四库全书》的想法，但总是因为这样那样的原因而没有成功，1933年至1935年，商务印书馆用文渊阁本辑印了《影印四库全书珍本初集》，只可惜后来抗战爆发，后续工作也没能接着开展下去。这对张元济来说，是个长存的遗憾。

20世纪20年代，上海工人运动频频发生，斗争甚为激烈。“五卅运动”后，商务印书馆也成立了工会，随即在1925年8月，工人领袖就领导了商务印书馆的罢工运动。罢工运动的诉求是增加工资、缩短工作时间和优待女工等。平心而论，当时商务印书馆的各方面工作待遇还算可以，但工人罢工风起云涌，张元济等人也无可奈何。罢工时间在开学前夕，影响了教科书的印刷和出版，令商务馆的各位领导非常头疼。

经过数次谈判，劳资双方都有所让步，但在一些问题上很难达成共识。张元济一向为人宽厚，主张和平解决问题，而另一位经理王显华则态度强硬，竟然调动驻厂军警，打伤了好多人，并且将一部分工人逮捕，以至于事情闹大。无奈之下，张元济请来已故创始人夏瑞芳的儿子，才算将事态渐渐平息。

尽管罢工工人对张元济是较为拥护的，但经此刺激，已经年近六十的张元济深感疲惫，遂萌生去意。1926年，张元济在上海的《申报》、《新闻报》上同时刊登《海盐张元济启事》，说自己年老体衰，已向商务馆董事会提请辞去监事的职务。各界人士以后有关于商务馆的事情要问询，也请大家联系商务馆的总务处。

因为张元济在业内难以取代的地位，商务印书馆自然不希望他辞职，所以诚意挽留，甚至夏瑞芳的夫人都出面挽留，文化界名流也纷纷出面，胡适特意从北京来信希望他多干几年再辞职。但张元济这次下定了决心，声称“断无出尔反尔及名去实回之理”。

1926年7月21日，张的辞呈被董事会接受。不久后，德高望重的他又被推选为董事会主席。主席是做了，但在薪酬方面张元济却坚决不要优待。作为一个传统的知识分子，张元济从来只看重中国文化的留存，对功名利禄一直看得很淡。如果他追求升官发财的生活，当年也决计不会进入商务印书馆了。