守天京的万余太平军将士及官员弁目三千余人，全部战死，无一人投降。洪仁玕保护幼主走安徽广德。曾国藩在向朝廷报捷时说：“洪逆倡乱粤西，于今十有五年，窃据金陵亦十二年，流毒海内，神人共愤。其蹂躏竟及十六省，沦陷至六百余城之多……此次金陵城破，十余万贼无一降者，至聚众自焚而不悔，实为古今罕见之剧寇。”

曾国藩说无人投降，似乎是为湘军陷城后的过重杀戮找借口。赵烈文在日记中说，大部分太平军士兵死于城陷时的战斗，城破后死的反而不多，因为不少人已向官军投降，并协助官军搜掠财物，换取活命。城陷后死得更多的是无辜百姓。

江宁，全城陷入火海，直烧得天昏地暗、天愁地惨、天崩地裂，有些火是太平军突围时放的，有些是官军抢劫财物后为了灭迹放的。从赵烈文的日记中，后人可以一睹天京城破后，一连七天七夜的抢掠、屠杀惨况：

计破城后，精壮长毛除抗拒时被斩杀外，其余死者寥寥，大半为兵勇扛抬什物出城，或引各勇挖窖，得后即行纵放。城上四面缒下老广贼匪不知若干，其老弱本地人民不能挑担，又无窖可挖者，尽遭杀死。沿街死尸十之九皆老者，其幼孩未满二三岁者亦斫戮以为戏。匍匐道上，妇女四十岁以下者，一人俱无，老者无不负伤，或十余刀，数十刀，哀号之声达于四远，其乱如此，可为发指。

李鸿章没参加江宁的攻城之战。金陵城破后的第二天，即六月十七日，他上折表示拟抽队会剿金陵。并写信告诉曾国荃，刘铭传的队伍将在七月中旬开到金陵。当时他还没收到金陵城破的消息。等到他收到捷报后，便奏请改派各军截剿战败外逃的太平军。

六月二十日，李鸿章写信向曾国藩道贺：“江宁省城已于十六日克复，为之雀跃狂喜，师门与沅丈艰苦经营，忧勤顾虑，必须专克此城，以回东南数省劫运，上酬主知，下副众望。不世之功，必待非常之人。鸿章所为，每奉明诏与大咨，辄趦趄旁皇与不敢进者也。”

他又写信向曾国荃道贺：“敬审擒获忠逆及洪逆次兄，扫穴歼渠，功高百辟，快慰无似！两年以来与忠逆搏战最多，既深佩其狡猾，更积恨其忠勇，来谕阱虎乞怜，曾狗鼠之不若，殊可嗤也。洪秀全必须戮尸，以抒众愤。其幼子想已窜出……伪府被焚，地窖当必不少，如能掘得金穴，藉犒饥军，稍偿血战之功，实所欣祝。”

捷报传至紫禁城，两宫太后命议政王、军机大臣传谕：

逆贼洪秀泉（全）等以数十万逆众，久踞金陵，曾国荃等督兵围攻，所部不满五万，两载以来，将城外贼垒悉数扫荡，兹复于炎风烈日之下，伤亡枕藉之余，并力猛攻，克拔坚城，非曾国藩调度有方，曾国荃及各将士踊跃用命，不能建此奇勋。

朝廷论功行赏，曾国藩赏加太子太保衔，封一等侯爵（后赐侯号为毅勇），世袭罔替；曾国荃赏加太子少保衔，赐一等伯爵（威毅）；李鸿章赏加一等伯爵（肃毅）；均赏戴双眼花翎。上谕对李鸿章的表彰词为：“江苏巡抚李鸿章统领中外水陆各军，由上海一隅转战而前，连克苏常府县，并领兵出境，攻拔嘉兴等处，现复协剿湖郡，扼守高（淳）、溧（水）一带，使江南逆匪进无援兵，退无窜路，实属勇谋兼优，着加恩锡封一等伯爵，并赏戴双眼花翎。”

然而，胜利也带来了一些意外的烦恼。有些人可共患难，但不可以同安乐，这个道理曾国藩当然清楚，但没想到这么快就应验了。金陵攻克后，曾国藩在最早的捷报中，声称太平天囯幼主已自焚死。但左宗棠的奏报中，却毫不留情地指出幼主已突围而去。这明显是指曾国藩谎报军情，夸大战功。曾国藩气恼之下，上奏称左宗棠于“杭州省城克复时，伪康王汪海洋、伪听王陈炳文两股十万之余，全数逸出，尚未纠参” 。曾、左之间的矛盾，一下子公之于众。两人从此绝交，不通音问。李鸿章与左宗棠，本来就有心结，这下自然是站在老师一边，这又令他与左宗棠之间的裂痕，进一步加深。