然而，要让这一制度付诸实现也有个过程。据陈岱孙回忆，当年蒋梦麟由教育部长改任北京大学校长后，曾非常明确地说：“我不赞成教授治校，我的口号是‘校长治校，教授治学’。”但是梅贻琦担任清华大学校长后，却极力支持教授治校的管理体制，并把它带到西南联大。

陈岱孙还说，在这一体制确立的过程中，清华大学教授们也起了很大作用。早在1929 年，清华大学要成立文、理、法三个学院，由于院长是评议会当然人选，所以院长如何产生，就成为摆在大家面前的一个重要问题。按照教育部颁布的《大学组织法》的规定，院长应该由校长任命，但教授们认为校长可以任命教务长、秘书长等行政人员，却没有资格任命学院院长，因为院长是教学活动和学术研究的负责人。幸亏当时的校长罗家伦是五四运动的学生领袖，因此经过协商，双方作出让步：教授会对每个学院公推两名候选人，让校长从中选择一位。这样一来，除了校长由教育部任命外，评议会其他成员依然要通过教授会才能产生。（参见《梅贻琦先生纪念集·陈序》）陈先生所说的情况，冯友兰在《三松堂自序》中讲得很详细。

经过大家努力，清华大学教授会和评议会的地位大大提高，因此冯友兰说，当年清华流传着这样一句话：“教授是神仙，学生是老虎，职员是狗。”他还说，教授会、评议会和校务会议其实是清华的“三级会议”—评议会好像是教授会的常务委员会，校务会议又是评议会的常务委员会。三级会议不仅权限分明，各司其职，还有严格的议事规则，以免会而不议，议而不决。（参见《三松堂全集》第一卷，第314—318 页，河南人民出版社1985 年版）行之有效的操作规程，为教授治校的实现提供了可靠的保证。