双方争论的焦点最终还是要归结到“‘问题’和‘主义’是如何产生的？”这一发生学的问题上。在这个问题上，经验主义的主张与理性主义的思想有着根本的差别。蓝公武受欧洲大陆理性主义思想方法的影响很大。在“‘问题’和‘主义’是如何产生”的“问题”上，其思维方式是典型的理性主义的。他认为，“问题初起之时，一定先为抽象性，后才变成具体性的”；“世间有许多极有力量的主义，在他发生的时候，即为一种理想，并不是什么具体方法，信仰这主义的，也只是信仰他的理想，并不考究他的实行方法”。并说问题初起的抽象性最合于人类的一种神秘性。实验主义是经验主义的一种表现形式。作为实验主义的信徒，胡适认为，凡是能成问题的问题，无论范围大小，都是具体的，决不是抽象的。问题本身，并没有什么抽象性。只是在研究问题的时候，往往必须经过一番理想的作用，而这一层理想的作用，不可错认作问题本身的抽象性。同时，胡适还批评了蓝公武所谓的人类的神秘性。胡适指出，人的这种“神秘性”“只是人类的愚昧性”，“实在是人类的一点大缺陷”。并且，“人类受这种劣根性的遗毒，也尽够了。我们做学者事业的，做舆论家的生活的，正应该可怜人类的弱点，打破他们对于抽象名词的迷信，使他们以后不容易受这种抽象的名词的欺骗”。而解决之道，只有“多研究些具体的问题，少谈些抽象的主义”。

所以，双方思想方法的差异是根本性质的差异。经验主义认为，任何的经验都来源于具体的问题——发现问题，分析问题，解决问题。同时，对于任何现实问题的解决也只有靠过去既有的经验。所以，在连结过去、现在和未来的一切关系上，只有以“经验”作为连结“经验”的方式，此外没有任何有效的“连结”。在《彻底的经验主义》一文中，威廉·詹姆士指出经验主义在这方面所持的基本观点。他说：“一种经验主义，为了要彻底，就必须既不要把任何不是直接所经验的元素接受到它的各结构里去，也不要把任何所直接经验的元素从它的各结构里排除出去。对于像这样的一种哲学来说，连结各经验的关系本身也必须是所经验的关系，而任何种类的所经验的关系都必须被算做是‘实在的’和该体系里的其他任何东西一样。元素固然可以因为事物原来的安排改正了而被重新分配，但是，在最后的哲学安排中，必须给每一种类的所经验的事物（无论是关系项或是关系）找到一个实在的位置。连接性的关系和分离性的关系都表现为经验之完全对等的部分。”