平叛之中，有众多学者、弟子跟随他四处辗转。门人薛侃、欧阳德、梁焯、何廷仁、黄弘纲、薛俊、杨骥等皆紧紧追随，讲聚不散。

军营携带着学校，辗转作战。军队中夹杂着一支这样的文人队伍，而且数量也越来越庞大。由于从学者人数众多，暂时充作课堂的军中射圃已经容纳不下，于是，王阳明专门在江西上饶建起濂溪书院，为弟子支起了固定的书桌。应该说，这是中国历史上第一座战地大学。

早在龙场时，王阳明就怀疑朱熹的《大学章句》非圣门本旨。平叛胜利回师后，他开始手录古本，伏读精思，这时才相信孔子之学本来简易明白，《大学》原来也并没有经传之分。于是录刻古本《大学》，以正朱熹之非。

他认为，朱熹到晚年时已经意识到自己早年的旧说之非，而且痛悔极艾，乃至以为这是“自诳诳人之罪，不可胜赎”。现世所传的朱熹“集注”之类著述，却是他中年时学术未定型时所写，而诸“语类”又是其门人挟胜心以附己见之作。如此，学者门徒守朱熹中年未定之说，而不复知求其晚岁既悟之论，遂取他自己晚年都深表悔悟的早年学说，集为定论，这不是大错特错吗？

公元一五一九年六月，王阳明奉敕勘处福建叛军，到达丰城时，陡然听到宁王朱宸濠造反的消息，而京城尚未获悉。

此时的情形已经万分紧急。朱宸濠拥兵十万，夺运船而下，兵出鄱阳，取南康，下九江，沿途属县闻风皆溃。朱宸濠的进攻路线很明显，下一步直趋安庆，然后径袭南京，最后北上攻取北京。

王阳明考虑到两京仓促无备，他一边用奇谋拖住朱宸濠大军的前进步伐，一边疾返吉安，督派知府调集军粮，组织兵力，整治好器械舟楫，积极应敌；一边又传檄四方，揭露朱宸濠罪状，号召列郡起兵勤王，同时向朝廷上疏告变，请求皇帝下令讨贼。

又一个奇迹诞生了。

朱宸濠刚围安庆，王阳明却乘其后方空虚攻破南昌，朱宸濠返兵自救，两军于鄱阳湖樵舍激战三次，最后王阳明以火攻大败叛军，并生擒朱宸濠。从六月二十二日发兵，到七月二十七日收兵，王阳明前后用时仅三十五天，干净彻底地平定了明王朝这场内乱。

然而，昏庸透顶的明武宗，却扣下胜利的捷报，不向天下宣布，“捷音久上，不发”。他想要玩玩“亲自”生擒叛贼的战争游戏。

滑天下之大稽的一幕出现了。战事早已结束的八月，明武宗以“威武大将军”身份亲率六师，命宦官张忠、佞臣许泰等领其事，浩浩荡荡南下。

张忠、许泰通告王阳明，将擒获的朱宸濠再放归到鄱阳湖，然后等待明武宗与之交战，而后奏凯。

王阳明不听，他不是因为这行为太无耻，而是认为这样做会祸害百姓，进而危害国家，“今经大乱，继以旱灾，又供京边军饷，困苦既极，必逃聚山谷为乱”。于是，他秘密将朱宸濠交给稍为正直，又为群小所惮的太监张永，免除了鄱阳湖上一场劳民伤财的军事游戏。

但最后，明武宗还是在广场上释放出朱宸濠，然后伐鼓鸣金擒之，完成了“亲自”俘获叛敌的心愿。一年后，明武宗这个昏君死于供他声色犬马的豹房之中。

此前，明武宗曾经以“威武大将军”的令牌，派锦衣卫千户前来追取朱宸濠，王阳明不肯出迎。明朝官场潜规则，锦衣卫所至之处，地方官必得赠以劳金。下属问王阳明给锦衣卫千户劳金多少，王阳明回答：“止可五金。”锦衣卫觉得受到侮辱，怒而不纳。次日告别时，王阳明拉着对方的手，不无揶揄地说：“我在正德间下锦衣狱甚久，未见轻财重义有如公者。昨薄物出区区意，只求备礼。闻公不纳，令我惶愧。我无他长，止善作文字。他日当为表章，令锦衣知有公也。”

自此，王阳明彻底得罪了张忠、许泰以及江彬。得罪一个小人，等于在自己的脖颈上缠绕一根绳索。

王阳明出手不凡，一下就为自己套上了三条。