故事发生在未来世界。经过长达一个世纪的激烈论争和武力争斗后,一切终于尘埃落定,对克隆人的禁令被迫取消,克隆人群体表现出的优势又促使倍感威胁的人类向智能化迅速迈进,向脑内植入纳米电脑芯片以与智能电脑联网成为风靡全球的时尚。克隆人与智能人最终成为两大优势群体,左右了全球的政治和经济。与此同时,智能机器人作为一个独立存在,有自主权利的群体,也在迅猛发展。而自然人成为了最被人瞧不起的劣等种族。世界格局也发生了翻天覆地的变化。大动荡结束,“新时代”开始。正当大家欢欣鼓舞之际,一个绝非地球人的技术能够制造出来的人工天体出现在太阳系,并以高速向地球驶来。外星人第一次正式造访太阳系,在地球上掀起了轩然大波。为此,地球上的政治冲突、军事争端、科技竞争、宗教冲突、种族歧视等各种矛盾都被激化,认为外星人是善意来访的人主张友情接待,认为他们是恶意入侵的要求武力抵抗。许多人潮水般涌向自然人隐居的高原、山谷,企图在“世界毁灭”之前找到藏身之所,到处都是战争和杀戮,一时间血流成河。在这个极度动荡不安的时刻,地位最卑微的自然人却有着更多的智慧,他们退居一隅,过着平静的生活。作为他们的一员,慕容晨在世纪之交的深夜踏上了回家的路。等待着她的,有山谷里温柔敦厚的外科医生魏子健,还有誓死捍卫自然人权益的抵抗运动领袖英若……